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BACTÉRIES

Classification des bactéries

À l'origine, les bactéries étaient nommées en fonction du rôle qui leur était attribué, notamment dans les maladies infectieuses (par exemple bacilles du charbon, de la peste, de la tuberculose, etc.) ; quelquefois, la nomenclature s'agrémentait d'un terme évoquant leur morphologie (par exemple Bactéridie, Clostridie, Vibrion, Spirille, etc.). Puis la possibilité d'étudier les bactéries en culture pure a permis, sur la base de leurs caractères physiologiques in vitro, d'élaborer une systématique bactérienne en les regroupant par famille, genre et espèce. La nomenclature actuelle conserve une terminologie binaire latine (nom de genre à initiale majuscule suivi du nom d'espèce à initiale minuscule : Mycobacterium tuberculosis). Le nom de genre fait généralement référence à la morphologie (par exemple Bacillus ou Streptococcus ou Corynebacterium) ou représente un hommage au microbiologiste ayant étudié le groupe bactérien (Pasteurella ou Yersinia ou Neisseria). Le nom d'espèce évoque le plus souvent une fonction particulière in vitro (liquefasciens ou aerogenes ou denitrificans) ou rappelle la maladie dont ces bactéries sont responsables (tuberculosis, typhi, pestis). Le nom proposé pour désigner de nouvelles espèces décrites est choisi arbitrairement et soumis à l'approbation d'un comité international de nomenclature.

Pendant longtemps, les bactéries étaient essentiellement distinguées par la coloration de Gram entre Gram + et Gram —, les Cyanobactéries (anciennement algues bleues) étant souvent classées à part. Cette classification rudimentaire a été bouleversée par l'application des méthodes de la phylogénie moléculaire : essentiellement la comparaison de leurs ARN 16S (ARN présents dans la petite sous-unité du risobome). La classification internationale est plus ou moins régulièrement mise à jour dans le Bergey's Manual of Determinative Bacteriology qui sert de référence dans le domaine, mais qui a du mal à suivre l'évolution rapide des nouvelles connaissances. Sur la base des ARN 16S, le Bergey's Manual (2e édition) distingue 23 phylums bactériens regroupant à la fois des bactéries que l'on sait cultiver et des bactéries que l'on ne connaît que par leur ARN 16S directement amplifié à partir de l'environnement. Sur ces 23 phylums, 21 correspondent à des bactéries Gram — et deux seulement à des bactéries Gram +. Les mycoplasmes, qui n'ont pas de paroi, et sont donc Gram —, sont néanmoins regroupés avec les Gram + du phylum Firmicutes, ce qui montre qu'il s'agit d'anciennes bactéries Gram + qui ont perdu leur paroi. On connaît également aujourd'hui une vingtaine de « divisions » regroupant uniquement des bactéries pour le moment non cultivables, ce qui montre à quel point notre connaissance de la diversité du monde bactérien reste rudimentaire. Certains phylums bactériens regroupent un très grand nombre d'espèces connues (des milliers), par exemple les Protéobactéries (Gram —), les Cyanobactéries (Gram —), ou encore les Firmicutes (Gram +). D'autres ne comprennent qu'un tout petit nombre d'espèces connues, par exemple le phylum des Chrysiogenetes ne correspond qu'à une seule bactérie connue.

Certains phylums correspondent à des groupes bien distincts sur le plan phénotypique, par exemple le phylum des Spirochetes, qui comprend toutes les bactéries spiralées (Spirochète, Borrelia, Leptospire), celui des Cyanobactéries, qui comprend toutes les bactéries productrices d'oxygène, ou encore celui des Planctomycètes, qui comprend des bactéries sans peptidoglycane possédant une membrane intra-cytoplasmique. D'autres phylums regroupent par contre des bactéries très diverses de forme et de capacité métabolique. Par exemple les Protéobactéries regroupent[...]

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Écrit par

  • : docteur en médecine, docteur ès sciences
  • : docteur en médecine, chef de service du laboratoire de microbiologie à l'hôpital de Nanterre
  • : professeur émérite à l'université Paris-Saclay, professeur honoraire à l'Institut Pasteur

. In Encyclopædia Universalis []. Disponible sur : (consulté le )

Médias

Microscopie optique : bactéries - crédits : Encyclopædia Universalis France

Microscopie optique : bactéries

Croissance d'une culture bactérienne - crédits : Encyclopædia Universalis France

Croissance d'une culture bactérienne

Dissémination des gènes aux bactéries du milieu - crédits : Encyclopædia Universalis France

Dissémination des gènes aux bactéries du milieu

Autres références

  • ABCÈS

    • Écrit par Jacques BEJOT
    • 516 mots

    Collection purulente bien limitée qui se forme au sein d'un organe ou d'un tissu, au cours d'une réaction inflammatoire. Un certain nombre d'agents pathogènes, introduits accidentellement en un point de l'organisme, sont capables d'entraîner cette réaction dont le but est de les éliminer. L'exemple...

  • ACTINOMYCÈTES

    • Écrit par Hubert A. LECHEVALIER
    • 3 450 mots
    • 4 médias

    Les Actinomycètes sont des Bactéries dont la croissance donne lieu à des colonies constituées d' hyphes, c'est-à-dire de filaments qui irradient, par croissance centrifuge, tout autour du germe qui leur a donné naissance. Cela explique leur dénomination : le mot « Actinomycètes » provient de deux...

  • AÉROBIOSE & ANAÉROBIOSE

    • Écrit par Claude LIORET
    • 2 734 mots
    • 1 média
    Des bactéries telles que les Acetobacter, les Pseudomonas, les Agrobacterium, certains Thiobacillus (T. denitrificans) se rangent dans cette catégorie. Les animaux sont en principe aérobies stricts, mais certains de leurs tissus, comme le tissu musculaire, peuvent supporter temporairement l'absence d'oxygène....
  • ALGUES

    • Écrit par Bruno DE REVIERS
    • 4 869 mots
    • 9 médias
    Les cyanobactéries (autrefois appelées algues bleues) sont classées parmi les bactéries. Ce sont des organismes qui sont apparus il y a au moins 2,7 milliards d'années, peut-être même, selon certains auteurs, il y 3,5 milliards d'années. Leurs constructions calcaires, appelées stromatolites (ou stromatolithes),...
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Voir aussi