13. Rôle dans les organismes d'origine
En se limitant au cas des végétaux qui restent la source essentielle des alcaloïdes, le rôle qu'y jouent ces derniers est actuellement assez obscur. Il apparaît en définitive comme devant être variable et, en tout cas, non vital pour la plante.
D'un point de vue purement physiologique, il a été postulé que les alcaloïdes sont des « impasses métaboliques », substances élaborées au terme d'une chaîne de réactions biochimiques, mais non utilisées ni transformées. Il y a dès lors accumulation dans certains tissus, comme la quinine dans les écorces de quinquina. À l'inverse, des observations effectuées sur la ciguë ou le latex du pavot suggèrent que leurs alcaloïdes seraient des métabolites intermédiaires à finalité inconnue dont la teneur varie en fonction de l'heure et de l'activité photosynthétique.
Un rôle de défense est fréquemment avancé, bien que peu de données expérimentales soient disponibles à cet égard (activité antibiotique par exemple). Dans une vue plus finaliste, il est connu que diverses plantes à alcaloïdes ne sont pas consommées par les animaux sauvages en raison de leur amertume ou de leur mauvaise tolérance (colchique). Ces observations se retrouvent chez les insectes ou les batraciens producteurs d'alcaloïdes : la coccinelline des coccinelles, très amère, la batrachotoxine des venins de crapaud apparaissent dissuasives vis-à-vis des ennemis de l'espèce. À ce titre, les alcaloïdes pourraient intervenir indirectement dans la sélection naturelle et l'évolution.
Avec la mise en évidence de relations plantes-insectes se profile une vocation écologique, en tant qu'agents de communication chimique. Diverses borraginacées produisent des alcaloïdes à noyau pyrrolizidine toxiques pour les animaux à sang chaud mais bien tolérés par les papillons, qui les utilisent pour élaborer des substances attractives sexuelles (phéromones « aphrodisiaques ») ou des hormones de mue. On observe alors un synchronisme entre le développement de la plante et celui de l'insecte.
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