La même année que l'Académie française, fut créé en 1635 par Guy de La Brosse, médecin de Louis XIII, le Jardin royal des Plantes médicinales, entre la Bièvre et l'abbaye de Saint-Victor (future Halle-aux-Vins, puis faculté des sciences). Ce jardin fournissait gratuitement des remèdes tirés des « simples ». Cinq ans plus tard, le Jardin des Plantes contenait déjà deux mille trois cents espèces vivantes, et cette collection fut complétée par des enseignements publics de botanique, de chimie pharmaceutique et d'anatomie, confiés à des « démonstrateurs ». On voit déjà apparaître les caractères actuels du Muséum : collections, enseignement spécialisé et éducation du public dans le domaine de la nature. On constate aussi l'indépendance à l'égard de l'Université, ce qui n'alla pas sans heurts au xviie siècle.
Le Jardin était régi par un intendant nommé par le roi. À ce titre, Guy C. Fagon sut convaincre Louis XIV d'envoyer des « voyageurs naturalistes » en Égypte, en Amérique du Nord et au Pérou afin d'enrichir les collections avec des espèces inconnues en France. C'est encore un trait spécifique du Muséum, qui a toujours attaché beaucoup d'importance aux missions scientifiques vers les terres lointaines. Nommé intendant en 1739, Buffon le demeurera jusqu'à sa mort, à la veille de la Révolution. Il tripla la surface du Jardin et développa considérablement les collections de zoologie et de minéralogie dans le Cabinet d'histoire naturelle.
En 1793, ce furent des amis du comte de Buffon, Joseph Lakanal et Louis Daubenton, qui rédigèrent le nouveau statut du Muséum d'histoire naturelle, dont le but principal, selon le décret de la Convention, « sera l'enseignement public de l'histoire naturelle, prise dans toute son étendue ». L'intendant fait place à un directeur « nommé parmi les professeurs et par les professeurs ». La Convention créa au Muséum une ménagerie à partir de bêtes foraines et d'animaux provenant des collections royales. Cette ménagerie fut vite une grande attraction de Paris, avec ses fosses aux ours (1805), sa rotonde en forme de croix de la L […]
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