La constitution d'une histoire naturelle à la fin du xviie siècle et au début du xviiie est fondée sur le souci de substituer à l'explication de la nature sa description intégrale, considérée alors comme seul moyen de préserver la richesse des formes naturelles dans leur singularité. Décrire, selon Tournefort (1656-1708), c'est dire avec toute la précision et la concision nécessaires ce que l'on voit d'un être, en faisant abstraction de tout ce qui « ne tombe pas sous le sens sans le secours d'une loupe ». Buffon (1707-1788), de même, conçoit la « vraie méthode » de l'histoire naturelle « comme la description complète et l'histoire exacte de chaque chose en particulier » et pour lui « il n'y a rien de bien défini que ce qui est exactement décrit » (De la manière d'étudier et de traiter l'histoire naturelle, 1749).
Contrairement aux modalités suivant lesquelles la connaissance du monde vivant s'est organisée depuis l'Antiquité jusqu'à la Renaissance, l'appréhension de l'univers se fait désormais par l'aspect visible des choses exclusivement. Jusqu'à la fin du xvie siècle, connaître la nature, c'était d'abord déchiffrer le réseau des ressemblances par lesquelles les choses dispersées dans l'espace étaient en correspondance les unes avec les autres, découvrir au-delà des analogies visibles les secrets de la nature, décrypter sur chaque chose la marque qui renvoie aux similitudes enfouies. L'âge classique, en privilégiant la vue, sens de l'évidence et de l'étendue, à l'exclusion des autres sens, écarte tout ce qui est lien occulte entre les choses au profit de leur seule structure visible ; c'est cette structure, capable de se maintenir dans son identité à travers les générations successives, qui est l'objet par excellence de l'histoire naturelle. Celle-ci se présente comme un savoir des êtres vivants, comme une entreprise de dénomination et de classification du visible en même temps. Pour Linné (1707-1778), le naturaliste est celui qui « distingue par la vue les parties des corps naturel […]
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