3. Les traités théologiques
Dans la Consolation de Philosophie, on ne trouve aucune trace de profession de foi chrétienne, pas plus que dans les œuvres logiques ou dans les traités mathématiques. On s'est donc longtemps demandé si les œuvres théologiques que la tradition manuscrite attribue à Boèce étaient bien authentiques. Mais la découverte de l'Anecdoton Holderi, une notice de Cassiodore où il est question de Boèce et qui lui attribue explicitement ces écrits, a obligé définitivement à admettre cette authenticité. Ces opuscules, assez courts, traitent de problèmes théologiques qui étaient débattus à l'époque. Le traité V, Contre Eutychès et Nestorius, en définissant avec précision les notions de « nature » et de « personne », défend la formule orthodoxe : la personne unique du Christ subsiste en deux natures et à partir de deux natures (divine et humaine). Les traités I et II se rapportent tous deux au même problème de théologie trinitaire : le terme « Trinité » est-il un terme qui se rapporte à l'ordre de la substance ou à l'ordre de la relation ? Pour Boèce, le terme « Trinité », qui correspond à la diversité des personnes, se situe dans l'ordre de la relation. Il faut donc distinguer entre Deus et Trinitas. Le traité III, qui aura un très grand succès au Moyen Âge, répond à la question : « Comment les êtres créés peuvent-ils, en leur être même, être bons sans être eux-mêmes le Bien substantiel ? » Boèce répond que l'être des étants est bon dans la mesure où cet être est originellement identique à l'être de Dieu (selon un mode idéal d'existence ou de préexistence), mais qu'il n'est pas un bien substantiel, puisque précisément les étants particuliers ne sont pas identiques à leur être, donc à leur bonté, mais qu'ils sont distincts de cet être originel auquel ils participent selon une forme déterminée (forma essendi) qui limite et détermine cet être. Le traité IV, De fide catholica, qui présente un exposé de la foi catholique concernant l'histoire du salut, n'est peut-être pas authentique.
Que le même homme ait écrit la Consolation de Philosophie et les traités théologiques ne doit pas nous étonner. C'est un trait général de l'aristocratie romaine, en cette fin de l'Empire, que cette juxtaposition, sans vrai mélange, entre le christianisme et les traditions spirituelles de l'Antiquité païenne. Chez Boèce, en tout cas, les œuvres profanes et les œuvres chrétiennes ont en commun l'usage d'une stricte méthode rationnelle. C'est ce rationalisme rigoureux qui fait la grandeur de Boèce et lui donne sa signification historique.
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