Qu'est-ce qu'un plasmide ? Cette définition a évolué au cours du temps en fonction du développement des connaissances scientifiques dans ce domaine. La définition originale de Joshua Lederberg en 1952 est génétique : ce sont des déterminants génétiques capables de se transmettre d'une bactérie à l'autre indépendamment du chromosome bactérien ; ce sont donc des éléments extrachromosomiques capables d'autoreproduction. Cette définition se basait sur la découverte suivante : l'agent causal du transfert de gènes entre des souches d'Escherichia coli était un facteur transmissible qui pouvait se disséminer dans la population bactérienne. Ensuite, il a été montré chez d'autres entérobactériacées, comme les Shigella, que l'acquisition simultanée de la résistance à certaines drogues toxiques pour cette bactérie pouvait être transférée en bloc à d'autres bactéries de la même espèce ou d'espèces différentes et que ces résistances étaient portées par un ou plusieurs facteurs (appelés R, en raison de leur effet).
Après avoir été définis par leur fonction, ces facteurs ont été isolés comme des molécules d'ADN circulaires fermées, c'est-à-dire sans extrémité libre. La recherche de telles molécules a été effectuée dans de nombreux organismes, et on a pu ainsi isoler des molécules circulaires d'ADN – auxquelles on a attribué le nom de plasmides – à partir de nombreuses bactéries, mais aussi d'eucaryotes. On a pu montrer que ces molécules se répliquaient indépendamment du chromosome, ce qui est caractéristique des plasmides.
Parallèlement, François Jacob et Élie Wollman ont proposé le terme « épisomes » pour des plasmides pouvant exister soit à l'état autonome libre, soit à l'état intégré dans le chromosome bactérien. À l'état intégré, l'épisome occupe une position définie sur le chromosome bactérien et est répliqué comme une partie de celui-ci. À cette occasion, il est apparu que certains virus ou phages pouvaient, dans certaines conditions physiologiques ou après mutation, se comporter de la même manière. Le cas ne sera pas envisagé dans ce chapitre (cf. bactériophage […]
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