Le terme morphème a au moins trois sens différents en linguistique.
On l'a d'abord employé pour désigner l'unité repérable dans un complexe morphologique où se découpaient un élément porteur de sens (appelé lexème ; parfois, mais plus rarement, sémantème) et un autre, grammatical, signalant l'appartenance à l'une des parties du discours (nom, adjectif, verbe, etc.). Ainsi, les termes chanteur et chanter présenteront dans cette terminologie un même lexème, chant-, et deux morphèmes différents, -eur et -er.
Dans le cadre de l'analyse en constituants immédiats, variante du distributionnalisme, on appelle morphème la plus petite unité douée de sens (la plus petite unité de première articulation), qui s'oppose au phonème, petite unité segmentale, dénuée de sens dans la chaîne du discours. L'analyse d'un énoncé en morphèmes pose un certain nombre de problèmes de segmentation. Dans un « mot » comme inaliénable, faut-il considérer qu'il y a un, deux ou trois morphèmes, c'est-à-dire faut-il retenir comme morphèmes in- et -able ? La réflexion sur ce point a mené à distinguer entre ce qu'on appelle des morp […]
