La notion d'autonomie ne peut être adéquatement saisie que si ses différents sens sont précisés à la fois dans leurs contextes historiques, dans leurs valeurs synonymiques et antithétiques, enfin dans les domaines et les activités auxquels ils s'appliquent.
Au sens littéral, autonomie signifie le droit pour un État ou pour une personne de se régir d'après ses propres lois. C'est le sens qu'on relève chez les historiens grecs : ainsi, Thucydide (III, xlvi) parle d'un peuple qui se soulève pour obtenir son indépendance, et Xénophon (Helléniques, V, i, 36), des Béotiens qui cherchaient à se rendre autonomes par rapport aux Thébains.
Cette notion doit être distinguée de celle d'autarchie, et rapprochée de celle d'autarcie. Littéralement, l'autarchie est le pouvoir absolu. Mais il faut noter qu'une façon de se donner ses propres lois (autonomie), c'est d'exercer sur les autres un pouvoir absolu (autarchie). Ainsi se trouve évoquée une première série de difficultés : à quelles conditions une collectivité peut-elle être la source des lois qui la régissent ? L'autonomie implique-t-elle la souveraineté ? S'accommode-t-elle, au contraire, de certains arrangements de dépendance mutuelle (comme dans des organisations de type confédéral), ou même de subordination (comme c'est le cas des États fédérés par rapport aux organes fédéraux) ? Caractérise-t-elle seulement les relations extérieures des unités politiques, ou convient-elle aussi pour qualifier les groupements constitutifs (familles, professions, unités de résidence) dont sont composées les cités ? Il ne semble pas que la pensée grecque soit allée très avant dans l'exploration de ces difficultés. Elle s'en tient à l'idée de l'autodétermination des unités politiques, plus précisément des cités, sans en chercher les limites ni les conditions.
Si l'autonomie ne se confond pas avec la souveraineté, elle doit être rapprochée de la suffisance, notion très courante chez les historiens, en particulier chez Thucydide (I, xxvii) lorsqu'il parle des gens […]
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