3. Découverte du détroit
Magellan envoie le Santiago en reconnaissance dans l'embouchure du fleuve Santa Cruz, mais le navire y fait naufrage. Après avoir atteint lui-même l'embouchure, Magellan repart vers le sud, doublant le cap des Vierges le 21 octobre. Près de la latitude 52050' S, il pénètre dans le passage qui se révèle être le détroit tant recherché, auquel il donnera son nom. Le San Antonio ayant déserté, seuls trois vaisseaux débouchent de l'autre côté du passage. Apprenant que l'océan est en vue, l'amiral s'effondre et pleure de joie.
Le 28 novembre, la Trinidad, la Concepción et la Victoria entrent dans la mer du Sud, qui sera plus tard nommée océan Pacifique en raison de leur traversée très calme. Accablé par la soif, frappé par le scorbut, se nourrissant de vieux biscuits, puis réduit à manger le cuir recouvrant l'extrémité des vergues, l'équipage, porté dans un premier temps par le courant de Humboldt, au large du Pérou, et encouragé tout au long du voyage par la détermination inébranlable de Magellan, traverse le Pacifique. Jusqu'au 18 décembre, il longe la côte chilienne. Magellan se dirige ensuite vers le nord-ouest. Il n'aperçoit la terre que le 24 janvier 1521, probablement l'île Pukapuka dans l'archipel des Tuamotu. Franchissant la ligne des équinoxes vers la longitude 1580 O le 13 février, les voyageurs débarquent le 6 mars sur l'île de Guam dans les Mariannes, où ils trouvent de la nourriture fraîche pour la première fois depuis 99 jours. Une requête, envoyée par Magellan au roi Charles Quint avant de quitter l'Espagne, suggère qu'il connaissait (probablement en partie grâce aux lettres de Serrão) la position approximative des Moluques. Il navigue désormais vers les Philippines, au lieu de se diriger vers les îles aux épices, sans doute afin de se ravitailler rapidement et de s'assurer un point d'attache avant de se rendre aux Moluques.
Appareillant à nouveau le 9 mars, Magellan met le cap à l'ouest-sud-ouest, vers les îles qui seront par la suite baptisées Philippines. À Limasawa, il noue sa première alliance dans le Pacifique au nom de l'Espagne et, à Cebú, il obtient la conversion au christianisme des chefs de l'île. Le 27 avril 1521, Magellan tombe cependant dans une embuscade organisée par des indigènes sur la plage de l'île de Mactan (Philippines) et est tué.
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