2. Un biologiste exemplaire
• Les premiers travaux
Dès la rentrée du Beagle, Darwin, en même temps qu'il travaillait au journal de son voyage, distribua à divers spécialistes le matériel zoologique et botanique qu'il avait recueilli, se réservant toutefois l'étude de pièces géologiques et des Crustacés Cirripèdes.
Après son journal de voyage, ses premières publications se rapportèrent aux observations géologiques qu'il avait faites sur les récifs coralliens et les îles volcaniques. Sa théorie relative aux formations coralligènes des atolls et des récifs-barrières fut « conçue avant qu'(il eût) vu un seul récif de corail » ; elle repose sur l'hypothèse d'un affaissement progressif du socle permettant, à mesure, la croissance verticale des Madréporaires, Cnidaires pour la plupart coloniaux et généralement inféodés à des eaux peu profondes ; encore qu'elle ne puisse être totalement généralisée, l'hypothèse de Darwin a été parfaitement vérifiée dans de nombreux cas. Dans son étude des îles volcaniques, commencée à Santiago, il montre, en accord avec Lyell, qu'un volcan résulte seulement d'une fracture de l'écorce terrestre, et non d'une boursouflure de celle-ci, par où s'écoulent les laves qui édifient le cône.
Darwin publia ensuite, entre 1851 et 1854, quatre monographies sur les Cirripèdes actuels et fossiles. Ses propres récoltes l'entraînèrent à étudier, dans son ensemble, cet « odieux » groupe. Il reconnut pourtant que ce travail de systématique, malgré l'« énorme perte de temps qu'il a exigée [lui] fut très utile lorsqu'[il] eut à discuter, dans L'Origine des espèces, les principes d'une classification naturelle ». Bien que Darwin ait considéré, contrairement aux conceptions modernes, l'espèce comme une unité arbitraire, ses monographies restent un modèle du genre.
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