2. La pathologie expérimentale
Robert Koch était donc parvenu à satisfaire aux conditions posées par Henlé pour démontrer le caractère microbien d'une maladie : découverte d'un germe spécifique, isolement du microbe en culture pure, réalisation expérimentale de la maladie chez un animal sensible, démonstration du pouvoir pathogène du microbe.
Relatée par Robert Koch lui-même, la réalisation expérimentale de la tuberculose reproduit la démonstration réussie pour la première fois, quelques années plus tôt, avec la maladie du charbon : « De six cobayes entretenus dans une même cage, quatre ont été inoculés dans l'abdomen avec du matériel de culture bacillaire provenant du poumon d'un homme atteint de tuberculose miliaire, laquelle culture avait fait l'objet de cinq repiquages en quarante-cinq jours. Deux animaux restaient non inoculés. Les animaux inoculés présentent quatorze jours plus tard des ganglions inguinaux et le site d'inoculation s'est ulcéré. Au trente-deuxième jour, l'un des animaux inoculés est mort et, au trente-cinquième, les trois autres furent sacrifiés. Tous quatre [...] montrèrent à l'autopsie une tuberculose avancée dans leur rate, leur foie, leurs poumons [...] alors que les animaux non traités ne présentaient aucune de ces lésions. »
Dans le même temps, pour pallier l'imperfection des microscopes de l'époque, il entre en rapport avec Ernst Abbe et Karl Zeiss. Koch est probablement le premier bactériologiste à bénéficier des immenses perfectionnements que ces physiciens apportèrent au microscope avec le condenseur et les objectifs à immersion homogène. Dès lors, dit-il, « l'état des choses changea du tout au tout ».
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