Le naturaliste suisse Louis Agassiz commence sa carrière scientifique par une étude des poissons actuels de l'Amazone que suit une étude des poissons fossiles du Brésil. Il en établit un inventaire très précis. Ces travaux sont publiés dans les cinq volumes des Recherches sur les poissons fossiles (1833-1844), où sont mentionnées mille sept cents espèces ; l'ouvrage, qui se distingue par la qualité de l'analyse servie par une illustration de premier ordre, jouera un rôle pionnier dans l'étude systématique des faunes marines éteintes. Il mène, parallèlement à cette étude, des travaux sur les échinodermes fossiles et entreprend bientôt des essais de glaciologie sur le glacier de l'Aar, qui restera attaché à son nom. Agassiz met en évidence le rôle des glaciers dans la morphologie quaternaire des continents (caractères du modèle glaciaire en montagne).
En 1846, il s'embarque pour les États-Unis. Là, il entreprend une série de travaux sur l'histoire naturelle des États-Unis, travaux qu'il réunira en quatre volumes : Contribution à l'histoire naturelle des États-Unis (Contributions to the Natural History of the United States, 1857-1862), ouvrage qui se veut de vulgarisation scientifique. Ce désir d'ouvrir au grand public le domaine scientifique s'exprime davantage encore à travers les nombreuses conférences que donne Agassiz dans ce pays. Il a voulu aiguiser et développer l'esprit scientifique aux États-Unis ; il y a réussi, car son recueil Méthodes d'étude en histoire naturelle a été édité dix-neuf fois. Parallèlement, il reprend ses travaux sur les poissons et constitue une collection au musée de Zoologie comparée qu'il crée à Harvard, où il émigre dès 1848. Son rôle fut capital dans l'orientation de la politique scientifique des États-Unis : réforme des sciences naturelles, fondation de l'Académie des sciences et de l'université Cornell.
Un aspect étonnant de la carrière d'Agassiz est sa lutte contre Darwin. Paradoxalement, ce pionnier en ichtyologie et paléontologie, ce précurseur en embryologie, qui le premier a mis en évidence la relation entre l'évolution embryonnaire et paléontologique – autrement dit le lien entre l'ontogénie et la phylogénie –, est toujours resté, jusqu'à la fin de sa vie, antiévolutionniste. Bien qu'il ait fourni par ses travaux paléontologiques une source d'informations aux évolutionnistes, il a toujours défendu la théorie de la fixité des espèces et des créations spéciales.
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