Après avoir été page puis pèlerin, Aldrovandi étudia à Padoue et à Bologne, en 1545, d'abord le droit, puis la médecine. En 1549, il fut arrêté, accusé d'hérésie et envoyé à Rome où il put se disculper, probablement en partie grâce à sa naissance noble. De retour à Bologne, il obtint son diplôme de médecine en 1553 et s'intéressa à la botanique. Il fut nommé professeur en titre d'histoire naturelle et de logique à l'université de Bologne (1560) en raison du grand intérêt soulevé par ses cours, dans lesquels il présentait l'histoire naturelle comme une étude systématique. Il fonda un jardin botanique à Bologne et en fut nommé conservateur.
Sa nomination comme « inspecteur des remèdes et préparations » se heurta à l'hostilité des apothicaires, mais fut confirmée par le pape Grégoire XIII. La pharmacopée officielle qu'Aldrovandi écrivit, Antidotarii Bononiensis Epitome (Épitomé des antidotes de Bologne), (1574), où il décrit les constituants et les propriétés des remèdes, devint un modèle pour ce genre de travaux.
Grégoire XIII lui accorda une aide financière pour publier ses nombreux travaux sur l'histoire naturelle, qui comprenaient des observations […]
