2. Les Phytoflagellés
Les Phytoflagellés comprennent dix classes : Phytomonadines (Chlorophycées - Volvocales) ; Xanthomonadines (Xanthophycées - Hétérochloridales) ; Chloromonadines (Chloromonadophycées) ; Eugléniens (Euglénophycées) ; Cryptomonadines (Cryptophycées) ; Dinoflagellées et Ébriédiens (Dinophycées) ; Silicoflagellés, Coccolithophoridés et Chrysomonadines (Chrysophycées Silicoflagellales - Coccolithophorales Chrysomonadales).
• Les chloroplastes
En principe, deux grands caractères permettent de distinguer les Flagellés à affinité végétale : la présence de chloroplastes (donc nutrition autotrophe) et celle de cellulose dans la membrane paraplasmatique. Mais ces caractères ne sont pas absolus, d'abord parce que la membrane cellulosique considérée comme l'attribut des végétaux n'existe pas nécessairement chez tous les Phytoflagellés, ensuite parce que certains peuvent perdre leurs plastes et devenir « physiologiquement » des animaux. En effet, il existe parfois dans une même espèce des lignées pigmentées et des lignées non pigmentées. De tels exemples sont signalés chez les Phytomonadines (Chlamydomonas), les Chrysomonadines, les Eugléniens. Chez ces derniers, l'apparition de l'hétérotrophie a été attentivement étudiée. Certaines espèces pourvues de plastes ne peuvent vivre qu'à la lumière (cas d'autotrophie stricte d'Euglena anabaena). D'autres espèces colorées sont autotrophes à la lumière, mais peuvent vivre dans l'obscurité en devenant hétérotrophes (E. gracilis). Enfin, il existe des Eugléniens incolores (souvent même dépourvus de plastes) qui sont complètement hétérotrophes. Ce passage de la vie autotrophe à la vie hétérotrophe ne s'explique que si l'on admet que quelques espèces, bien que pourvues de plastes colorés, ont une nourriture hétérotrophe. Ainsi le règne animal et le règne végétal fusionnent-ils au sein des Flagellés et cette particularité n'est pas l'un des moindres intérêts de ces Protistes.
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