La défaite des Girondins dans leur lutte contre les Montagnards, le 2 juin 1793, moment capital dans l'histoire de la Révolution française, a une signification moins sociale que géographique ; c'est la défaite de la province devant Paris, des partisans d'une fédération de départements contre les tenants de la centralisation. Une défaite qui pèsera lourd dans l'histoire politique de la France. Dans l'immédiat, c'est la révolte dite fédéraliste qui jette la France dans la guerre civile. Les Girondins en fuite ont tenté, en effet, de soulever les départements qui les avaient élus contre les Montagnards dont nombre de dirigeants ont été envoyés à la Convention par la capitale (pas tous néanmoins : Saint-Just est député de l'Aisne, Couthon du Puy-de-Dôme...). L'insurrection fédéraliste englobe soixante départements. Ses causes varient selon les régions et dépassent la simple action des Girondins : désir d'autonomie (Corse), mécontentement économique et peur du « maratisme » dans les ports et les grandes villes commerçantes, sentiments royalistes exacerbés, liens avec l'étranger se mêlent dans ce mouvement complexe qui multiplie les paradoxes (Lyon vote la Constitution de l'an I, mais s'insurge contre la Montagne). Le danger est considérable pour la Révolution. À Caen, les Girondins lèvent une armée de quatre mille hommes destinée à marcher sur Paris ; Paoli livre la Corse aux Anglais ; Montauban se soulève ; Toulon passe à l'ennemi ; les Vendéens traversent la Loire et se présentent devant Nantes...
L'instauration d'un gouvernement révolutionnaire fondé sur la politique de la Terreur a été la réplique de la Montagne à cette insurrection fédéraliste. L'armée de Caen est arrêtée à Vernon par des volontaires parisiens, et la plupart des chefs de la Gironde en fuite sont appréhendés ou découverts morts les uns après les autres. Lyon est réduit par les représentants en mission, Fouché et Collot d'Herbois ; la ville à demi rasée prend le nom de Commune-Affranchie, par le célèbre décret du 21 vendémiaire an II (12 oct. 1793). En décembre, Dugommier reprend Toulon ; le port reçoit le nom de Port-la-Montagne. À Bordeaux, qui tombe également, Tallien fait régner la terreur. En Vendée, Kléber et Marceau balayent les blancs au Mans et à Savenay. Ainsi, au printemps de 1794, les insurrections d'inspiration girondine ou royaliste sont-elles écrasées. La cause du vaincu était trop ambiguë. Les fédéralistes ont eu le tort de confondre leur lutte avec celle des royalistes. Du côté du vainqueur, en revanche, aucune équivoque. C'est le centralisme parisien qui triomphait avec le jacobinisme.
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