DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE

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Du prélèvement à l’acheminement au laboratoire

Le point de départ de tout diagnostic virologique est le prélèvement de l’échantillon à analyser. Le respect des protocoles de prélèvement est primordial pour assurer l’obtention d’échantillons biologiques de qualité et permettre ainsi un diagnostic fiable. Lorsque la décision est prise par les équipes médicales d’effectuer des examens de biologie médicale, le type de prélèvement est décidé en fonction des symptômes observés et de l’identité probable de l’agent pathogène impliqué.

Un échantillon biologique de qualité doit être prélevé dans les bonnes conditions et au bon moment (période de l’infection) – ni trop précocement si l’on souhaite détecter les anticorps produits par l’organisme, ni trop tardivement si c’est le pathogène que l’on recherche. Ce dernier peut en effet disparaître d’un compartiment biologique au cours du temps. C’est le cas, par exemple, de certains virus possédant une phase virémique (présence du virus dans le sang) très courte, comme le virus de l’hépatite A. Le prélèvement doit ensuite être conservé et acheminé dans de bonnes conditions jusqu’au centre d’analyses. Ainsi, l’échantillon doit être sécurisé (souvent en triple emballage de sécurité dit biohazard) ; son transport doit être le plus rapide possible et effectué à bonne température – le plus souvent à 4 0C si le trajet dure plusieurs heures (en glacière ou boîte à glace) ou à –20 0C voire –80 0C pour les délais plus longs, notamment si une mise en culture du virus est requise. Enfin, l’échantillon doit être correctement renseigné – motif(s) de la demande, principaux symptômes présentés par le malade, date de début des troubles, nature du prélèvement, etc. – pour permettre un rendu interprétable et fiable des résultats. Différents types et modalités de prélèvement peuvent être utilisés selon la suspicion du pathogène à rechercher, sa localisation préférentielle dans l’organisme et la technique de détection à utiliser. Pour le diagnostic indirect par recherche d’anticorps dans le sang, on utilise du sang total prélevé dans un tube stérile, additionné d’un anticoagulant comme l’EDTA (acide éthylène diamine tétra-acétique) et centrifugé afin d’obtenir du plasma, ou du sang total centrifugé dans un tube sec pour obtenir du sérum. Pour le diagnostic direct, la diversité des prélèvements est plus large et plus directement liée à la nature des signes présentés par le sujet. On peut ainsi utiliser les selles, les sécrétions nasales, les urines, le sang, le sérum, le liquide céphalo-rachidien, différents types de frottis cellulaires… Par exemple, le site primaire de réplication de la plupart des virus respiratoires étant l’épithélium cilié des voies aériennes supérieures, l’excrétion virale se fait essentiellement au niveau de la muqueuse nasale. L’écouvillonnage s’effectue le plus souvent par grattage des muqueuses de la paroi interne narine-rhinopharynx. Cependant, pour certains virus respiratoires dont la réplication se situe principalement au niveau des amygdales et du pharynx (cas des adénovirus et entérovirus), il est nécessaire d’effectuer un écouvillonnage au niveau de la gorge.

Optimisation des tests du SARS-CoV-2

Dessin : Optimisation des tests du SARS-CoV-2

La pandémie de Covid-19 a imposé la mise en œuvre de divers types de tests visant à diagnostiquer la présence du virus SARS-CoV-2. La présence d'anticorps anti-SARS-CoV-2 dans le sang (sérologie) débute environ une semaine après l'infection et augmente progressivement au cours du... 

Crédits : Encyclopædia Universalis France

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Pour le SARS-CoV-2, le taux de virus dans le sang étant faible et transitoire, le diagnostic se fait actuellement à partir de prélèvements respiratoires hauts (naso-pharyngés ou de gorge) ou sur un prélèvement des voies respiratoires basses (crachats, lavage broncho-alvéolaire, aspiration trachéale) en cas d’atteinte du parenchyme pulmonaire. En France, le prélèvement le plus utilisé est un écouvillonnage naso-pharyngé profond permettant de recueillir des cellules épithéliales superficielles susceptibles de contenir le SARS-CoV-2.

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Optimisation des tests du SARS-CoV-2

Optimisation des tests du SARS-CoV-2
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Effet toxique (cytopathogène) du virus SARS-CoV-2

Effet toxique (cytopathogène) du virus SARS-CoV-2
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Cinétique d’une réaction de PCR

Cinétique d’une réaction de PCR
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Principe de la séroneutralisation

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Écrit par :

  • : virologiste, maître de conférences, université de Montpellier

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Yannick SIMONIN, « DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE », Encyclopædia Universalis [en ligne], consulté le 12 mai 2022. URL : https://www.universalis.fr/encyclopedie/diagnostic-virologique/