Le Directoire, dès son installation le 26 octobre 1795, s'est trouvé pris entre deux menaces : à gauche les jacobins et les babouvistes, à droite les royalistes. Le danger babouviste est écarté après l'arrestation de Babeuf en mai 1796. En revanche, longtemps limité à des complots et aux soulèvements armés (dans la Vendée, le Midi), le mouvement monarchiste s'adapte à l'action légale grâce à Dandré, fondateur des Instituts philanthropiques et à l'argent de Londres transmis par l'intermédiaire de l'agent britannique, Wickham, établi en Suisse. Les élections de germinal an V (mars 1797) pour le renouvellement du premier tiers sortant des conseils voient l'écrasement des candidats directoriaux et la victoire des royalistes. Pichegru, Imbert-Colomès, Marmontel, Royer-Collard sont ainsi élus. Barbé-Marbois devient président du Conseil des Anciens, Pichegru président du Conseil des Cinq-Cents, enfin Barthélemy remplace Letourneur au Directoire où les royalistes peuvent compter sur Carnot. La nouvelle majorité entend faire abroger les lois contre les prêtres réfractaires et les émigrés. La vente de leurs biens est souvent suspendue et les séquestres fréquemment levés ; des républicains sont assassinés en toute impunité, leurs clubs fermés. Inquiet et convaincu par les papiers du comte d'Antraigues, saisis en Italie, des liens entre Pichegru et les partisans d'une restauration monarchique, liens que confirmeront les mémoires secrets du comte de Montgaillard, Barras se rapproche sensiblement des républicains Reubell et La Révellière-Lépeaux. La crise, en raison de la séparation trop rigoureuse des pouvoirs prévue dans la Constitution, ne peut être résolue que par un coup de force venant soit des conseils soit du Directoire, s'il prend de vitesse les assemblées. Comme lors du 13 vendémiaire, Barras fait appel à l'armée. Hoche, le 1er juillet 1797, fait marcher des troupes de l'armée de Sambre-et-Meuse sur Paris ; d'Italie, Bonaparte envoie Augereau pour assurer la direction du coup d'État déclenché le 18 fructidor an V (4 sept. 1797). Pichegru et Barthélemy sont arrêtés ; Carnot, qui, au sein du Directoire, n'avait pas caché ses sympathies royalistes, parvient à s'enfuir. Les élections sont cassées dans quarante-neuf départements, et une soixantaine de députés et de journalistes, mêlés à d'anciens policiers (Dossonville) et à des chansonniers contre-révolutionnaires (Ange Pitou), sont déportés en Guyane. Pour remplacer Carnot et Barthélemy, le choix des conseils épurés se porte sur des thermidoriens éprouvés, Merlin de Douai et François de Neufchâteau, précédemment ministres. Des mesures répressives frappent émigrés et prêtres réfractaires. En apparence, la république est sauvée ; dans la réalité, elle est condamnée aux coups d'État militaires. Celui de Bonaparte, le 18 brumaire an VIII, l'emportera.
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