Comme celle du Mali, l'origine du Songhaï est obscure. C'est à Koukia, sur le Niger, en aval de Gao que vit la population Songhaï. La chefferie appartient aux Dia. Vers l'an 1000, l'un d'eux se convertit à l'islam et transfère la capitale à Gao, mieux située sur le Niger, au débouché d'une des grandes voies du commerce transsaharien. Le Songhaï passe dans l'obédience du Mali à la fin du xiiie siècle, sauf sa partie méridionale où se trouve l'ancienne capitale, Koukia. Une nouvelle dynastie, celle des Sonni, s'y établit. Profitant de la décadence du Mali, Sonni Madogo pille, vers 1400, la capitale malienne. Mais c'est sous le règne de Sonni Ali (1464-1492) que le Songhaï étend, de façon décisive, sa domination sur tout le cours moyen du Niger. À sa mort, l'empire s'étend du Dendi à Mopti et relègue au second plan le Mali moribond. Le fils de Sonni Ali, chef du parti antimusulman, comme son père, est évincé par la faction pro-islamique de son armée, dirigée par Askia Mohammed, et se réfugie à Ayorou, en aval de Koukia, où il constitue avec ses partisans le noyau du Dendi.
Askia Mohammed continue la politique de conquêtes de Sonni Ali, combattant le Mali et les Peul à l'ouest, annexant la majeure partie du pays Haoussa à l'est. Vers 1516, le Songhaï contrôle, directement ou indirectement, tous les pays de la savane, du Sénégal au Tchad. Mais cet empire tient surtout grâce à la supériorité des armées de Gao et à la terreur que leurs saccages et leurs massacres inspirent. Askia Mohammed, presque aveugle, est déposé en 1528. Ses successeurs s'emploient à maintenir par les armes l'unité de l'empire et à lutter contre les attaques des Marocains. Ces derniers s'emparent des salines de Taghaza en 1585, puis traversent le Sahara et écrasent l'armée du Songhaï à la bataille de Tondibi, en 1591. Cette défaite n'est pas seulement due à la médiocrité des derniers souverains du Songhaï, mais aussi à des conditions économiques défavorables. Les guerres continuelles nuisent à un commerce déjà gravement affaibli par le détournement vers l'Atlantique du trafic de l'or et des esclaves au profit des Portugais.
La défaite de Tondibi marque la fin du Songhaï et le début d'une décadence qui durera trois siècles, les Marocains ayant été incapables de prendre la succession des Askia et s'étant bornés à contrôler Gao et Tombouctou, sous les attaques incessantes des Touareg, des Peul et des Bambara.
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