PHYLOGÉNIE ANIMALE

3.  Le renouveau des études 

Après un siècle de piétinement, l'évolution animale est redevenue, depuis le milieu des années 1980, un thème de recherche particulièrement productif et à la mode. Le phénomène se manifeste notamment par l'abondance considérable des publications consacrées à la phylogénie des métazoaires, y compris dans des revues scientifiques de très haut niveau.

Le domaine a été redynamisé par l'arrivée de techniques nouvelles, produisant des quantités d'informations inédites et précieuses pour effectuer des inférences phylogénétiques. Il s'agit notamment, surtout depuis les années 1970, de l'exploration de la morpho-anatomie à l'échelle ultrastructurale grâce à la microscopie électronique à balayage et à transmission, puis aux techniques d'immunohistochimie. Contrairement à une idée reçue, la morphologie des animaux est encore aujourd'hui loin d'être connue de manière satisfaisante, et son exploration n'est pas une activité désuète. 

Parallèlement, l'utilisation des séquences de gènes et de protéines pour la reconstruction phylogénétique a constitué une véritable révolution : celle de la phylogénie moléculaire. Les progrès décisifs sont venus des analyses fondées sur l'ARN de la petite sous-unité ribosomique, ou ARNr 18S (première phylogénie des métazoaires utilisant ce marqueur : Field et al., 1988). Depuis lors, d'autres molécules ont été exploitées (ARNr 28S, protéines de choc thermique, facteurs de la traduction, histones, etc.). Enfin, ces dernières années, la phylogénie est entrée dans une nouvelle ère, celle de la phylogénomique. Les génomes mitochondriaux ou nucléaires complets, les séquençages massifs d'ADNc (ADN complémentaire), permettent maintenant d'analyser plusieurs dizaines voire plusieurs centaines de marqueurs phylogénétiques (gènes ou protéines) en combinaison.

Outre l'apport de ces données nouvelles, le renouveau est également dû à de profondes mutations des concepts et méthodes de la phylogénie, conséquences notamment de l'adoption progressive, […]