2. Fonction manifeste et fonction latente
De manière moins métasociologique, Robert King Merton (1910-2003) a fondé l'analyse fonctionnelle sur une conception des faits sociaux comme « conséquences objectives » de besoins collectifs (Éléments de théorie et de méthode sociologique, 1966, 1re éd. 1944). Il propose de distinguer entre fonction « manifeste » et fonction « latente ». La première correspond, pour le maintien du système social, à un effet bénéfique qui est consciemment recherché par les acteurs sociaux, comme ce serait le cas des examens scolaires considérés comme mode de sélection des plus aptes à occuper des positions données. La seconde ne procède pas de la volonté intentionnelle des acteurs, tout en restant bénéfique au système ou sous-système considéré : il en irait ainsi du rôle joué par les examens scolaires dans le renforcement de la solidarité entre les étudiants et donc de leur contribution à l'homogénéité du système scolaire. Lorsque le système est affecté par des phénomènes nuisibles à son maintien, on parlera de dysfonction ou plus souvent de dysfonctionnement. Par exemple, pour de nombreux sociologues, l'inflation bureaucratique constitue une dysfonction par rapport aux institutions nécessaires pour administrer des sociétés à structures complexes et à population nombreuse.
Merton a également introduit la notion de substitut fonctionnel pour caractériser un élément d'un système qui remplit la même fonction qu'un autre élément dont la fonction manifeste correspond cependant plus explicitement à l'exigence du système : ainsi la télévision, dans notre civilisation, remplit-elle une fonction de contrôle social normalement dévolue aux forces de l'ordre.
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