4. Affinités des Cnidosporidies
La formation de spores pluricellulaires et la présence d'éléments somatiques aussi hautement différenciés que les cnidoblastes assignent aux Cnidosporidies une place particulière dans la classification. L'apparition d'un organe pluricellulaire semble les éloigner des Protistes et la structure des cnidocystes fait songer aux Cnidaires. Cependant leurs stades amiboïdes, leur cycle, les rapprochent des Protozoaires. D'autre part, les études de R. Hovasse ont montré que les cnidocystes (ou les organites similaires) ne sont pas une exclusivité des Cnidaires, encore moins des Métazoaires en général.
Aussi la place des Cnidosporidies reste-t-elle incertaine. Pour de nombreux zoologistes, elles sont plus proches des Métazoaires que des Protistes. Certains (Stole, Emery, Ikeda...) y voient mêmes des Métazoaires très dégradés, dont les affinités nous sont actuellement inconnues.
De toute façon, ils ne peuvent pas constituer la souche des Métazoaires malgré la séparation nette entre un germen, potentiellement immortel, et un soma, périssable, que l'on peut décrire chez ces animaux.
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