Né dans une famille protestante, Charles Seignobos est le fils d'un homme politique, Charles-André Seignobos, qui fut à plusieurs reprises député républicain de l'Ardèche. Le jeune Charles, après des études secondaires, entre à l'École normale supérieure ; agrégé d'histoire, il accomplit, en Allemagne, un voyage d'études de 1877 à 1879. Il enseigne ensuite, de 1879 à 1883, à la faculté des lettres de Dijon. Reçu docteur ès lettres en avril 1882 avec une thèse d'histoire médiévale sur le régime féodal en Bourgogne, il ouvre à la Sorbonne un cours libre en novembre 1883.
Seignobos devient, en 1898, le suppléant de Lavisse en histoire moderne et maître de conférences de pédagogie. Chargé d'un cours d'histoire générale en 1904, il est nommé professeur adjoint en décembre de la même année. Professeur de méthode historique en 1907, il obtient une chaire d'histoire politique des Temps modernes en novembre 1921.
On lui doit des ouvrages importants : Histoire de la civilisation (1884-1886), Introduction aux études historiques (en collaboration avec Charles-Victor Langlois) et surtout une Histoire politique de l'Europe contemporaine (1897). Il est avant tout connu comme l'auteur d'une série de manuels d'histoire pour l'enseignement secondaire ; il contribue à la publication de l'Histoire de France dirigée par Ernest Lavisse, pour la période 1848-1914. Pacifiste convaincu (il ne croit pas à l'imminence de la guerre à la veille de 1914) et dreyfusard ardent en 1899 (et comme tel, critiqué avec passion par la droite nationaliste), il ne tenta cependant pas de jouer un rôle politique direct comme le fit son collègue à la Sorbonne, Alphonse Aulard.
Il s'impose surtout, entre 1897 et 1921, comme le maître à penser de toute une génération d'historiens, dans les perspectives ouvertes avant lui par la réflexion positiviste (notamment par Hippolyte Taine et Fustel de Coulanges). Définissant avec une rigueur exemplaire les lois d'une critique historique minutieuse, il en arrive à juger que seuls […]
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