2. Les tournants de la condamnation et de la guerre
S'étonnera-t-on que cette construction n'ait pas alors été reçue par l'autorité ecclésiastique ? Après une série de mesures disciplinaires, Loisy sera excommunié (7 mars 1908) quand il aura refusé de souscrire à l'encyclique Pascendi (8 sept. 1907). Quelques mois après, il est élu professeur d'histoire des religions au Collège de France, poste qu'il occupera jusqu'en 1933. Il partage désormais son temps entre son domicile parisien et la petite maison de Ceffonds en Haute-Marne où il se retire et où il mourra. Vie très solitaire, mais dont on trahit la signification en l'isolant ainsi dans la singularité de son destin. Il faudrait la replacer dans le réseau d'amitiés et d'hostilités par rapport auxquelles Loisy s'est inlassablement situé, plus attentif encore à marquer ce qui le séparait de ceux qu'on lui donnait parfois pour alliés (Mgr Duchesne, Maurice Blondel, le baron von Hügel, A. Houtin, etc.) que de ses adversaires. En retrait des polémiques, deux grandes amitiés se sont maintenues inaltérées, celles de l'archevêque d'Albi, Mgr Mignot, et de l'abbé Henri Bremond. Mais il faudrait souligner aussi l'affection qu'il portait à des amis de tous âges vis-à-vis desquels il se sentait engagé.
La guerre en tua quelques-uns, en orienta d'autres dans une direction différente. Et ce n'est qu'un aspect du drame qu'elle représenta pour lui. Il avait construit sa synthèse autour de l'idée d'un progrès régulier de l'humanité par la religion. Elle lui fit prendre conscience que cette évolution avait un caractère plus dramatique, plus menacé aussi qu'il ne l'avait d'abord éprouvé. « L'humanité n'est pas conduite, comme l'enseignent les religions, mais elle va, cherche, se pousse, s'affole, s'irrite, se déchire, se suicide, tout en s'efforçant à vivre, à grandir, à se perpétuer, donc à s'améliorer. » Quant à ses positions exégétiques, elles ne varient guère et conserveront toujours un caractère très réducteur en ce qui concerne la personne historique de Jésus. Ce n'est pas « le type idéal de parfaite humanité » qu'exalte le protestantisme libéral, mais « un homme de son temps et de son pays, incarnation de l'esprit qui jadis avait animé les voyants et les saints d'Israël [...]. Jésus, avec l'idée qu'il s'était faite du Messie instaurateur du Royaume, marque en un sens la banqueroute de l'espérance israélite ; mais il a contribué à une œuvre plus large et moins imaginaire que celle qu'il avait rêvée. Il était mort pour un règne de Dieu qui n'est jamais venu et jamais ne viendra ; et c'est de son tombeau qu'a pu naître l'Église chrétienne. »
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