CHYTRIDIOMYCOSE

Origine et voies d’introduction des chytrides

Appartenant au même genre (Batrachochytrium), ces deux espèces de champignons ont divergé il y a environ 50 millions d'années (Ma).

En 2018, une analyse comparative des génomes de 234 champignons de l’espèce B. dendrobatidis(Bd) collectés dans le monde entier a permis de reconstruire l’histoire évolutive de ce champignon. Les différentes lignées qui avaient déjà été identifiées (Bd-GPL de répartition mondiale, Bd-CAPE en Afrique, Bd-CH en Suisse et Bd-BRAZIL au Brésil) ont été confirmées et une nouvelle (Bd-ASIA-1) a été découverte chez des amphibiens de la péninsule coréenne, qui constituerait en fait la région d’origine du champignon Les caractéristiques de cette lignée asiatique montrent qu’il s’agit bien de la plus ancienne, à l’origine de toutes les autres. Bd-GPL aurait émergé de cette zone géographique au cours du xx^e siècle, entre 1939 et 1989 (d’après l’horloge moléculaire issue de l’arbre phylogénétique des lignées de Bd). Elle s’est ensuite répandue dans le reste du monde à la faveur du commerce des amphibiens. Bd-GPL a pu entrer en compétition avec des lignées locales et les remplacer. Les lignées Bd-CAPE, Bd-CH et Bd-BRAZIL sont encore les témoins de la diversité de ce champignon.

Des tests en laboratoire ont été menés pour comprendre les variations de virulence observées entre les diverses lignées. Les têtards de crapaud commun sont sensibles à l’infection (en particulier par Bd-GPL et Bd-ASIA-1). Bd-GPL est plus infectieux et virulent que les autres lignées chez les jeunes individus métamorphosés. Ces données confirment que l’effet du pathogène dépend de l’environnement, de l’hôte, de la lignée du champignon et permettent de comprendre la diversité des situations rencontrées dans le monde. Les différentes lignées ont évolué avec les communautés d’amphibiens, selon un équilibre qui s’installe entre la virulence du champignon et la résistance de l’hôte. Lorsqu’une lignée est introduite dans une nouvelle zone géographique, elle peut éliminer les lignées existantes ou même se recombiner avec elles. Les communautés d’amphibiens présentes n’ont alors pas encore pu coévoluer avec ces nouvelles lignées et y sont donc particulièrement sensibles, d’où les épisodes de mortalités massives observées.

En ce qui concerne B. salamandrivorans, s’il a été découvert dans la nature en Europe, il est largement répandu en Asie de l'Est (Vietnam, Japon et Chine), porté par des espèces de la famille des Salamandridés. Une étude comparative montre que les urodèles d’Asie sont des porteurs sains de ce champignonalors que les Salamandridés d’Europe et d’Amérique y sont particulièrement sensibles. B. salamandrivoransa également été mis en évidence chez des salamandres asiatiques en captivité en Europe et destinées à la vente pour la terrariophilie. Sa présence dans le milieu naturel aux Pays-Bas, en Belgique et en Allemagne provient fort probablement d’une contamination via des salamandres d’origine asiatique porteuses du champignon et relâchées dans la nature.