CHYTRIDIOMYCOSE

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Les impacts de la chytridiomycose sur les amphibiens

La chytridiomycose causée par Bdendrobatidis est connue en Amérique du Nord, en Amérique centrale, en Europe et en Australie. Selon une étude internationale publiée en 2019, ce champignon est impliqué dans le déclin d'au moins 501 espèces d'amphibiens dans le monde depuis le milieu du xxe siècle et l’extinction de 90 d’entre elles. Les effets les plus importants de cette maladie touchent les régions au climat humide des Amériques et de l'Australie. Les déclins ont culminé dans les années 1980. Depuis, seulement 12 p. 100 des espèces touchées montrent des signes de reprise, alors que 39 p. 100 continuent à décliner.

En Amérique centrale, la propagation de Bdendrobatidis est bien renseignée dans le parc national El Copé au Panamá, grâce à l’évaluation de l’abondance des espèces vivant sur une surface de 4 kilomètres carrés. Cette étude, qui a débuté en 1998, a montré la présence de 63 espèces sept ans avant l’arrivée de ce champignon. La chytridiomycose, détectée en 2004, a causé la disparition de 25 espèces et l’abondance a fortement diminué chez 17 autres espèces.

En Amérique du Nord, les populations de la grenouille à pattes jaunes (Rana muscosa) ont été suivies, entre 1996 et 2008, dans quatre-vingt-huit lacs, où Bdendrobatidis est aussi apparu en 2004. Le nombre de grenouilles adultes chute de presque 90 p. 100 dans la zone étudiée, alors que dans des sites non touchés les populations augmentent de 45 p. 100 durant cette même période. Le caractère pathogène de ce champignon sur cette espèce est prouvé par des expériences d’inoculation au laboratoire et c’est bien lui qui provoque le déclin de cette espèce dans la Sierra Nevada californienne.

En Europe, la première mortalité d’amphibiens attribuée à Bdendrobatidis a été observée dans le parc naturel de Peñalara (Espagne), touchant massivement de jeunes alytes accoucheurs (Alytes obstetricans) entre 1997 et 1999. Présente dans trente-cinq mares, cette espèce ne l’est plus que dans cinq d’entre elles dès 1999, soit une régression de 86 p. 100. Des centaines de salamandres tachetées (Salamandra salamandra) sont aussi trouvées mortes dans la même région entre 2001 et 2003. Des crapauds communs (Bufo bufo) sont également découverts morts ou malades – parmi des centaines d’autres en bonne santé – et des analyses histologiques révèlent la présence de Bdendrobatidis dans leur épiderme. En 2002, une mortalité massive de jeunes alytes accoucheurs est encore observée dans le val d’Echo (Pyrénées espagnoles, Aragon). En 2006, le champignon est détecté sur des amphibiens morts (alyte et salamandre tachetée) en vallée d’Aspe (Pyrénées-Atlantiques), dans deux lacs localisés à moins de 10 kilomètres du val d’Echo. Ce sont les premières mortalités d’amphibiens en France causées par la chytridiomycose. Les enquêtes menées depuis dans la chaîne des Pyrénées montrent que Bdendrobatidis est bien présent dans plusieurs lacs du Béarn et du massif de Néouvielle, où des mortalités d’alytes affectent jusqu’à 80 p. 100 des individus à la métamorphose. Selon une étude épidémiologique menée de 2009 à 2011 et effectuée dans le cadre du programme européen RACE (Risk Assessment of Chytridiomycosis to European Amphibian Biodiversity), ce champignon s’est répandu dans toutes les régions françaises, avec une occurrence globale – proportion de sites où il est présent sur le nombre total de sites étudiés – de 32 p. 100 et une prévalence moyenne – proportion d’individus contaminés sur le nombre total d’individus analysés dans une population – de 16 p. 100 dans les sites où il est observé. La plupart des espèces de France peuvent abriter Bdendrobatidis, avec des prévalences très variables, allant de 16 p. 100 chez les grenouilles « vertes » à moins de 5 p. 100 chez la grenouille rousse, le crapaud commun et les tritons. Ces valeurs sont du même ordre de grandeur dans les autres pays d’Europe.

Amphibiens retrouvés morts dans les Pyrénées

Photographie : Amphibiens retrouvés morts dans les Pyrénées

Sur les bords du lac d'Arlet, lac glaciaire situé dans le Béarn (Pyrénées-Atlantiques), à 1 986 mètres d'altitude, de nombreux Alytes accoucheurs (Alytes obstetricans) ont été victimes de la chytridiomycose. Cette maladie, causée par des champignons pathogènes, est responsable de la... 

Crédits : Dirk Schmeller

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L’impact de Bdendrobatidis sur les populations d’amphibiens est contrasté : il existe des régions du monde avec des mortalités massives mettant en péril les communautés d’amphibiens (comme en Amérique et en Australie) alors que, dans d’autres, comme en Europe et en Asie, le champignon est largement répandu sans provoquer de mortalité massive (sauf dans quelques lacs pyrénéens). Il est possible que, dans certains cas, l’impact de cet agent pathogène n’ait pas été observé, comme cela est suspecté pour le déclin [...]

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Dendrobates bleus

Dendrobates bleus
Crédits : Ullstein Bild/ Getty Images

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Coupe d’une peau d’amphibien infectée par le champignon Batrachochytrium dendrobatidis

Coupe d’une peau d’amphibien infectée par le champignon Batrachochytrium dendrobatidis
Crédits : Frank Pasmans/ Wildlife Health Ghent, UGent

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Salamandre tachetée atteinte de chytridiomycose

Salamandre tachetée atteinte de chytridiomycose
Crédits : Frank Pasmans/ Wildlife Health Ghent, UGent

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Amphibiens retrouvés morts dans les Pyrénées

Amphibiens retrouvés morts dans les Pyrénées
Crédits : Dirk Schmeller

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Écrit par :

  • : directeur d'études, École pratique des hautes études, enseignant-chercheur

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Claude MIAUD, « CHYTRIDIOMYCOSE », Encyclopædia Universalis [en ligne], consulté le 19 mai 2022. URL : https://www.universalis.fr/encyclopedie/chytridiomycose/