Au début de janvier 1793, lorsque se précise la menace d'une guerre générale, la Convention crée dans son sein un Comité de défense générale. Ses membres étaient trop nombreux et la publicité des séances incompatible avec le secret nécessaire aux préparatifs militaires. La Commission de salut public, créée le 25 mars, ne réussit pas mieux. Le 6 avril, Isnard et Barère font élire un Comité de salut public de neuf membres, choisis par la Convention et délibérant en secret (les plus influents parmi ceux-ci sont Danton, Barère, Cambon, Treilhard).
Ce premier Comité, créé en pleine crise extérieure et intérieure, a une tâche des plus difficiles. Dominé par la personnalité de Danton, il essaie vainement de faire face à cette situation. Le renouvellement du 10 juillet, en éliminant Danton, va donner naissance au « Grand Comité de l'an II » (1793-1794).
Compte tenu des nominations faites en août et septembre, il comprend douze membres : Barère, Robert Lindet, Jeanbon Saint-André, Couthon, Hérault de Séchelles, Prieur (de la Marne), Saint-Just, Robespierre, Carnot, Prieur (de la Côte-d'Or), Billaud-Varenne et Collot d'Herbois. C'est une équipe assez homogène (seul Hérault sera éliminé à la fin de 1793), au sein de laquelle s'établit une certaine spécialisation : marine (Jeanbon Saint-André), guerre (Carnot), fabrications de guerre (Prieur de la Côte-d'Or), économie et subsistances (Lindet)... Dans tous les domaines, le travail accompli est considérable et le Comité n'est rien moins que le gouvernement de la République pendant la période la plus critique de son existence. Il faut vaincre les ennemis extérieurs et intérieurs, et c'est précisément l'œuvre du Comité de salut public. Mais, à partir de juin 1794, les dissensions entre Robespierre, Couthon et Saint-Just d'une part, certains de leurs collègues d'autre part introduisent un élément de discorde qui aboutit à la journée du 9 thermidor an II (27 juillet 1794).
Le Comité de salut public a été maintenu pendant la période post-thermidorienne, mais le renouvellement par quart tous les mois lui enlève l'unité dont il avait bénéficié en l'an II. Les membres les plus souvent réélus et les plus significatifs en sont Merlin de Douai et Cambacérès. Son rôle est amoindri au profit des autres comités, en particulier de celui de législation. À partir du 5 mars 1795 apparaissent Sieyès et Reubell, qui jouent un rôle capital dans les négociations diplomatiques. Après la dernière crise du régime (vendémiaire an IV), le Comité de salut public passe ses pouvoirs et ses archives au Directoire, qui prend sa succession comme organe directeur de l'État.
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