La position géographique de Cnossos, placé en éminence sur la rive gauche du fleuve Kairatos, à quatre kilomètres de la côte nord, en un point clé unissant le fertile littoral septentrional crétois à la vaste plaine de la Messara vers le sud, explique la permanence d'un habitat en ce lieu depuis le Néolithique. Les premiers vestiges minoens mis au jour à partir de 1900 par une mission anglaise sous la direction de sir Arthur Evans reposent, en effet, sur une épaisse couche de remblai néolithique.
Le site, dont la fouille n'est pas achevée, comprend, tel qu'il apparaît aujourd'hui, deux palais superposés, mais également de somptueuses villas, des maisons, des nécropoles et des routes dallées. Le premier palais, édifié au cours du premier siècle du ~ IIe millénaire environ, marque vraisemblablement un changement important dans l'histoire économique et politique de l'île et plus encore de Cnossos par rapport aux autres sites crétois. Il doit correspondre à l'établissement d'un système de gouvernement nouveau, inspiré de l'Asie sémitique, et à un développement des relations commerciales avec les contrées voisines (Cyclades, Grèce continentale, mais aussi Égypte et Proche-Orient), événements liés par la légende au nom du roi Minos.
La première construction reste en usage jusqu'à ~ 1750-~ 1700 environ, époque à laquelle un tremblement de terre a certainement ravagé tous les palais de l'île. Cet ensemble primitif est recouvert par un nouvel édifice dont le plan, encore plus monumental, respecte cependant l'organisation originelle en zones fonctionnelles.
Tout s'organise autour de la grande cour centrale et se développe sur plusieurs étages, plus ou moins nombreux selon les quartiers. À l'ouest, le bâtiment comporte deux cryptes à pilier central reliées au sanctuaire situé au rez-de-chaussée. Cet étage, de plain-pied avec la cour, abrite des pièces à fonction officielle (salle du trône, sanctuaire tripartite et long corridor donnant accès aux vingt-deux magasins en communication avec la zone sacrée).
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