La technique d'électrophorèse classique en gel d'agarose ou de polyacrylamide permet de séparer des fragments d'ADN suivant leur taille. Sur ces gels constitués d'un réseau désorganisé de longues fibres, on dépose l'ADN dont les molécules sont chargées négativement. Soumises à un champ électrique, elles migrent vers le pôle. Celles qui sont plus petites que les mailles du réseau de fibres sont très peu freinées et migrent rapidement, tandis que les molécules plus grandes sont ralenties. Le pouvoir résolutif de l'électrophorèse est excellent pour des fragments d'ADN dont la taille est inférieure à 50 000 paires de bases (50 kilobases ou kb), mais, au−delà de cette taille, les fragments d'ADN ne sont plus séparés. Par exemple, l'ADN du bactériophage A (50 kb) et l'ADN des chromosomes de levure (de 500 à 2 000 kb) ne seront pas séparés par électrophorèse classique. L'électrophorèse en champ électrique pulsé a permis de résoudre ce problème, en utilisant un champ électrique discontinu ou bien en modifiant périodiquement la direction du champ. Dans ces conditions, le temps mis par la molécule d'ADN pour se positionner dépend de sa longueur. Ainsi, une molécule d'ADN très longue (2 000 kb) passera plus de temps à se réorienter qu'à se déplacer, tandis qu'une plus petite molécule (200 kb) passera plus de temps à migrer. Le repérage des fragments, après leur positionnement, fait appel à la technique d'hybridation moléculaire.
Jean-Luc GUESDON
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