Lors de l'embryogenèse animale, au cours de la gastrulation, et au moment où s'invagine le pôle végétatif de la cœloblastula, il se produit une ouverture : c'est le blastopore. Celui-ci donne accès à la cavité archentérique située dans le sac invaginé, ébauche du tube digestif. La destinée du blastopore permet d'identifier deux grandes coupures chez les animaux à symétrie bilatérale. Dans une première série, le blastopore de la gastrula deviendra la bouche de l'adulte ; jamais il ne participera à la formation de l'anus qui s'édifiera ultérieurement. Ce caractère définit les protostomiens (némertes, némathelminthes, annélides, mollusques). Dans un deuxième groupe, le blastopore de la gastrula donnera l'anus ou marquera sa place ; la bouche correspond à une néo-formation. Ce caractère définit les deutérostomiens (échinodermes, stomocordés, pogonophores, tuniciers, céphalocordés, vertébrés).
