Ayant hérité de son père Manuel Ier un empire s'étendant sur trois continents, Jean III eut, pendant les premières années de son règne, le double souci de consolider les conquêtes et d'en organiser l'administration. Le Brésil, ou plutôt la province de Santa Cruz (seule occupée à cette date), fit l'objet d'une mise en valeur systématique : par l'émigration d'abord, puis par l'institution des « capitaineries » dotées d'une large autonomie, enfin par la mise en place d'une administration centrale, légère pour le Brésil mais placée sous le contrôle direct de la Couronne. Un tel effort de structuration, allant bien au-delà des préoccupations commerciales, ne pouvait manquer de susciter des oppositions : Jean III eut notamment à faire face à de nombreux conflits avec la France, dont les corsaires avaient pris l'habitude de débarquer fréquemment sur les côtes brésiliennes. En Europe toutefois, le Portugal restera neutre et Jean III, quoique lié par mariage à l'Espagne, se garda bien d'intervenir dans les luttes continentales. Il intensifia en revanche ses relations avec le Saint-Siège, autorisant ce dernier à établir au Portugal le tribunal de l'Inquisition et de nombreux évêchés. Cette politique créa quelques difficultés avec l'Angleterre, lorsque se produisit sous Henri VIII le schisme de l'Église d'Angleterre avec Rome.
La prospérité commerciale n'en fut cependant pas affectée, même quand des comptoirs furent ouverts à Anvers et commencèrent à concurrencer directement le commerce britannique. En politique intérieure, la tendance fut à l'absolutisme, favorisé en sous-main par l'influence de la Compagnie de Jésus, justifié en partie par la nécessité de faire face aux famines, épidémies et catastrophes diverses dont le pays eut à souffrir au cours du règne. Sur le plan culturel, il faut mettre à l'actif de Jean III la réforme de l'Université et l'encouragement qu'il accorda au renouveau de la littérature.
Jean de PINS
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