« Bio-informatique »
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INFORMATIQUE Vue d'ensemble
- Écrit par Jean-Paul DELAHAYE
- 1 165 mots
L'informatique graphique a conduit au développement de l'industrie du jeu électronique et a révolutionné les effets spéciaux du cinéma. Les méthodes de traitement du langage (dictionnaires, traduction automatique, correcteurs orthographiques et grammaticaux, etc.) sont utilisées par tout le monde. La bio-informatique permet la manipulation et le traitement des formidables quantités de données produites par les machines automatisées de séquençage du génome. Lire la suite
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TRITHÉRAPIE DU SIDA
- Écrit par François CHAST
- 264 mots
Les premières synthèses ont lieu en 1993 sur la base des études cristallographiques du site actif de l'enzyme : la bio-informatique entre dans le domaine de la découverte des médicaments. Successivement, le ritonavir (1996), l'indinavir (1996), le nelfinavir (1997), le saquinavir (1998), l'amprénavir (2000) et le lopinavir (2001) sont mis sur le marché. Lire la suite
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LEDERBERG JOSHUA (1925-2008)
- Écrit par Agnès ULLMANN
- 1 001 mots
C'est sous son influence que l'université Stanford s'est hissée au premier plan dans les domaines des biotechnologies, de la recherche biomédicale et de la bio-informatique. Après l'avènement de l'ère spatiale, Lederberg s'est intéressé aux aspects scientifiques de l'exploration de l'espace, aux possibilités de contaminations interstellaires, inventant le terme « exobiologie » pour la détection de la vie extraterrestre. Lire la suite
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GÉNOMIQUE : ANNOTATION DES GÉNOMES
- Écrit par Véronique BLANQUET, Stéphanie DURAND
- 8 036 mots
- 5 médias
L’analyse bio-informatique qui permet d’aboutir à un génome complet se construit en plusieurs étapes. Dans tous les cas, on s’assure de la qualité des reads et de leur nettoyage puis on les assemble de novo si l’on ne dispose pas de génome de référence, ou on les aligne (mapping, en anglais) sur un génome de référence lorsqu’il existe. Analyse de la qualité des reads L’ensemble des reads est stocké, pour chaque individu, sous un format informatique particulier dans un fichier appelé FASTQ (« FASTA Quality »). Lire la suite
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GNF6702, INHIBITEUR DE PROTÉASOMES
- Écrit par Gabriel GACHELIN
- 1 995 mots
- 4 médias
Une étude de leurs cibles potentielles par modélisation bio-informatique montre que ces cibles se répartissent en trois groupes : des protéines kinases (enzymes impliquées dans de nombreuses étapes du contrôle de la vie cellulaire), des protéasomes (groupes d’enzymes dotées de la propriété de cliver des protéines et d’assurer le contrôle de leur métabolisme) et des cytochromes (impliqués dans les processus énergétiques et de détoxification). Lire la suite
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PHYLOGÉNOMIQUE
- Écrit par Gabriel GACHELIN
- 3 017 mots
- 1 média
Bio-informatique et phylogénomique Tout autre est la situation créée par la possibilité de comparer des génomes entiers ou un grand nombre de gènes. Une solide bibliothèque de génomes complets et de gènes isolés s'est constituée à partir d'un grand nombre d'organismes différents et s'enrichit à chaque nouveau séquençage. L'acquisition d'une telle quantité de données est devenue possible grâce à de nombreuses innovations technologiques, tant en ce qui concerne les machines qui permettent la détermination automatique et rapide des séquences d'ADN à des coûts devenus très bas, que pour ce qui est des algorithmes et des logiciels de la bio-informatique. Lire la suite
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GÉNIE GÉNÉTIQUE
- Écrit par Louis-Marie HOUDEBINE
- 3 338 mots
- 6 médias
C'est pour cette raison que la bio-informatique prend une importance croissante dans les laboratoires de biologie et de biotechnologie. Dans les décennies à venir, un des défis sera non plus seulement de collecter et gérer des informations mais de décrypter les réseaux d'échanges d'informations entre les différents composants des organismes vivants. Lire la suite
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BIG DATA
- Écrit par François PÊCHEUX
- 6 148 mots
- 3 médias
Il a permis au monde scientifique de dénouer des problèmes non résolus jusqu’alors (mise en évidence du boson de Higgs en physique ; métagénomique en bio-informatique), aux groupes politiques de dresser des cartes électorales extrêmement précises (par exemple lors de la réélection en 2012 du président des États-Unis Barack Obama) et aux entreprises commerciales de devenir les « nouveaux devins » capables d’anticiper sans erreur des phénomènes socioéconomiques et d’en profiter. Lire la suite
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IMPRESSION 3D
- Écrit par François PÊCHEUX
- 3 043 mots
- 5 médias
Le slicer produit en sortie un troisième fichier informatique compatible avec une machine CNC (computer numerical control). Ce fichier CNC (par exemple au format G-Code, normalisé en 1980) contient la suite des commandes numériques élémentaires (déplacement de la tête d’impression dans l’espace, démarrage ou arrêt de l’extrusion) nécessaires à la réalisation de l’objet. Lire la suite
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GÉNOME HUMAIN
- Écrit par Gabriel GACHELIN
- 3 791 mots
- 1 média
Pour ce faire, le projet a établi le répertoire des signatures de fonctionnalité et y a ajouté les séquences des produits d'expression (transcriptomes et protéomes) d'un grand nombre de types cellulaires différents, puis a recherché leur présence dans le génome humain, l'ensemble de ces informations étant traité dans des laboratoires de bio-informatique qui s'appuient sur des applications construites à cette fin. Lire la suite
