Bioinformatique : assemblage de fragments d'ADN

Bioinformatique : assemblage de fragments d'ADN

Crédits : Encyclopædia Universalis France

Les données de départ sont constituées par des fragments d'ADN (6 fragments appartenant au brin direct et 8 fragments appartenant au brin complémentaire, qui, dans cette fenêtre, sont localisés dans le génome sur les positions 1940 à 2000) lus par le robot séquenceur. Le programme d'assemblage, qui utilise les logiciels Phred, Phrap et Consed (université de Washington, États-Unis), fait coulisser les fragments les uns par rapport aux autres afin d'obtenir le meilleur alignement vertical des bases nucléiques. Pour chaque colonne verticale, un vote majoritaire détermine la base qui s'inscrit alors dans la ligne consensus (en violet). Cette dernière indique donc le résultat : la séquence d'ADN ainsi reconstituée.