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SÉQUENÇAGE HAUT DÉBIT DE L'ADN
Exemple de diversité au sein d’un gène
Plusieurs mutations sont identifiées dans le gène de la myostatine (MSTN) chez différentes races bovines. Les boîtes bleues, grises ou rouges correspondent respectivement à des mutations sur le gène de la myostatine, conservative, silencieuses ou ayant des conséquences avérées sur la...
Crédits : Encyclopædia Universalis France
Détermination classique de la séquence d’un fragment d’ADN
Le mélange réactionnel contient l'amorce et l'ADN matrice à séquencer, les ddNTPs marqués avec les fluorophores, les dNTPs et l'ADN polymérase. La polymérase va copier la matrice par élongation à partir de l'amorce. L'élongation se termine lorsqu'un ddNTP marqué par un fluorochrome...
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Principe de la PCR en émulsion (Ion Torrent®)
Les différents fragments d'ADN simple brin sont fixés sur les microbilles via les adaptateurs (dans un rapport quantitatif permettant majoritairement la présence d'une seule molécule d'ADN sur chaque bille). Au sein de réacteurs individualisés, les fragments initiaux à la surface des billes...
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Séquençage de l’ADN par synthèse dans la méthode Illumina®
Le séquençage de l'ADN par la méthode Illumina® commence par une amplification par PCR en « pont » (a). Les molécules d'ADN simple brin spatialement éloignées les unes des autres sont fixées à la lame par complémentarité avec une amorce contenue dans les adaptateurs (deux types...
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Séquençage de l’ADN par la méthode Ion Torrrent®
Lors de l'étape d'élongation, l'ajout du dNTP par la polymérase libère dans le milieu réactionnel un proton H+ (a). Les billes recouvertes de leurs produits d'amplification sont placées dans les puits (partie grise) d'une puce semi-conductrice (b). La libération naturelle d'un ion proton...
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Séquençage de troisième génération par nanopore
Le séquençage de l'ADN par passage au travers d'un nanopore est assez sensible pour permettre l'analyse d'une molécule individuelle d'ADN (voire d'ARN). Une enzyme (unwinding enzyme) de type hélicase sépare les deux brins de l'hélice d'ADN et linéarise l'ADN simple brin. Ce monobrin va...
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Préparation de cellules isolées pour l’étude de leurs acides nucléiques
Les cellules, par exemple contenues dans une biopsie sont séparées les unes des autres puis injectées dans une série de canaux d'un dispositif microfluidique où circule de l'huile. Les cellules sont isolées de ce milieu vecteur par l'eau qui les entoure. On peut dès lors trier les cellules...
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Alignement des séquences d’ADN déterminées
Les séquences déterminées correspondent à une multitude de fragments issus de la molécule d'ADN initiale. L'assemblage de ces séquences « courtes » et aléatoires (petits traits multicolores) se fait en utilisant leurs zones de chevauchement (schématisées par des « boîtes » sur...
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Détermination classique de la séquence d’un fragment d’ADN
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Séquençage de l’ADN par synthèse dans la méthode Illumina®
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