SÉQUENÇAGE HAUT DÉBIT DE L'ADN

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Exploiter les données de NGS

Le séquençage à haut débit permet de réaliser plusieurs types d’analyses, selon bien sûr l’information biologique recherchée (variants, variation d’expression…), mais aussi la taille, la complexité du génome étudié et son information disponible dans les bases de données…

Séquençage de novo et reséquençage

Le séquençage de novo permet de reconstruire un génome n'ayant pas de référence répertoriée dans les bases de données. Les génomes de l’homme ou de nombreuses espèces très étudiées – animaux domestiques, certaines plantes ou bactéries – sont en effet déjà bien connus, mais de nombreux autres sont encore à étudier.

Le reséquençage de génome est réalisé lorsque le génome étudié possède déjà une référence mais que l’on veut approfondir ces connaissances (identification de nouveaux polymorphismes dans une race animale, par exemple). Le séquençage ciblé (autre approche de reséquençage) permet d’analyser spécifiquement des régions d'intérêt du génome. Il existe deux manières de sélectionner des zones précises à séquencer, soit par enrichissement (en capturant par hybridation complémentaire les régions d’intérêt à l’aide d’un mélange plus ou moins important d’oligonucléotide), soit par amplification ciblée. Ce ciblage peut être obtenu en utilisant une solution commerciale prête à l’emploi, c’est souvent le cas en recherche clinique, par exemple pour l’analyse des gènes BRCA1 et BRCA2 (gènes dont les mutations prédisposent au cancer du sein) à l’aide de systèmes génériques (panels d’amorces permettant d’amplifier et de séquencer simultanément toutes les régions comportant les mutations déjà identifiées, par exemple). Il peut aussi être réalisé à façon et est utilisé très fréquemment en recherche fondamentale. Ainsi, cette approche « custom » par enrichissement a été employée pour mener une étude d’association sur une région de 4,5 Mb associée au développement musculaire chez la race bovine limousine. La zone cible de l’ADN du [...]

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Exemple de diversité au sein d’un gène

Exemple de diversité au sein d’un gène
Crédits : Encyclopædia Universalis France

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Détermination classique de la séquence d’un fragment d’ADN

Détermination classique de la séquence d’un fragment d’ADN
Crédits : Encyclopædia Universalis France

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Principe de la PCR en émulsion (Ion Torrent®)

Principe de la PCR en émulsion (Ion Torrent®)
Crédits : Encyclopædia Universalis France

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Séquençage de l’ADN par synthèse dans la méthode Illumina®

Séquençage de l’ADN par synthèse dans la méthode Illumina®
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Véronique BLANQUET, Nathalie DUPRAT, Lionel FORESTIER, « SÉQUENÇAGE HAUT DÉBIT DE L'ADN », Encyclopædia Universalis [en ligne], consulté le 04 février 2021. URL : https://www.universalis.fr/encyclopedie/sequencage-haut-debit-de-l-adn/