SÉQUENÇAGE HAUT DÉBIT DE L'ADN

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La troisième génération de séquençage

La troisième et différente génération de séquençage est assez sensible pour permettre l’analyse d’une molécule individuelle d’ADN ou d’ARN (cette dernière n’ayant plus besoin d’être rétrotranscrite en ADN complémentaire) et cela sans étape préalable d’amplification. Elle permet d’obtenir des séquences nettement plus longues (plusieurs dizaines de milliers de bases) en un temps plus court (jusqu’à 20 gigabases de données en 48 heures), pour un coût diminué. L’équipement développé en 2016 par la société Oxford Nanopore Technologies, le MinION, appareil portable à peine plus gros qu’une clé USB, exploite des protéines transmembranaires (nanopores) traversées par un champ électrique. Au sein du nanopore, une enzyme va dérouler l’hélice d’ADN à séquencer et un des deux brins va passer dans un canal au centre de la molécule. Les variations spécifiques du courant engendrées par le passage successif des différents nucléotides dans le canal (ils sont de tailles différentes) vont être révélées et il sera ainsi possible de reconstituer la séquence initiale de la molécule à partir de ces signaux. Cependant, ces méthodes génèrent encore des erreurs même en l’absence d’amplification. Il faut en effet réussir à détecter le signal très faible venant d'une seule molécule.

Séquençage de troisième génération par nanopore

Photographie : Séquençage de troisième génération par nanopore

Photographie

Le séquençage de l'ADN par passage au travers d'un nanopore est assez sensible pour permettre l'analyse d'une molécule individuelle d'ADN (voire d'ARN). Une enzyme (unwinding enzyme) de type hélicase sépare les deux brins de l'hélice d'ADN et linéarise l'ADN simple brin. Ce monobrin va... 

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Exemple de diversité au sein d’un gène

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Détermination classique de la séquence d’un fragment d’ADN

Détermination classique de la séquence d’un fragment d’ADN
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Principe de la PCR en émulsion (Ion Torrent®)

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Séquençage de l’ADN par synthèse dans la méthode Illumina®

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Véronique BLANQUET, Nathalie DUPRAT, Lionel FORESTIER, « SÉQUENÇAGE HAUT DÉBIT DE L'ADN », Encyclopædia Universalis [en ligne], consulté le 02 février 2021. URL : https://www.universalis.fr/encyclopedie/sequencage-haut-debit-de-l-adn/