PHYLOGÉNIE MOLÉCULAIRE

ALGUES

  • Écrit par 
  • Bruno DE REVIERS
  •  • 4 856 mots
  •  • 9 médias

Dans le chapitre « Le paradoxe d'organismes photosynthétiques non apparentés entre eux  »  : […] La place des algues actuellement admise dans le monde vivant est en opposition complète avec les visions précédentes qui ont prévalu jusque vers le milieu du xx e  siècle. On classait alors généralement les organismes en bactéries, végétaux et animaux (cf. tableau ), trois règnes auxquels s'ajoutaient parfois les champignons et les protistes. Ces […] Lire la suite☛ http://www.universalis.fr/encyclopedie/algues/#i_52740

CLADISTIQUE

  • Écrit par 
  • Pascal TASSY
  •  • 2 992 mots
  •  • 4 médias

Dans le chapitre « Cladistique et informatique »  : […] La cladistique a vite utilisé l'informatique. En effet, analyser de façon simultanée une multitude de caractères pour de nombreuses espèces, afin de construire l'arbre phylogénétique, est au-delà des capacités de l'esprit humain. Il est parfois difficile de faire ressortir la solution qui rend compte au mieux des partages de caractères dérivés considérés comme des synapomorphies. Par exemple, pou […] Lire la suite☛ http://www.universalis.fr/encyclopedie/cladistique/#i_52740

CLASSIFICATION DU VIVANT

  • Écrit par 
  • Pascal DURIS, 
  • Pascal TASSY
  •  • 7 194 mots
  •  • 4 médias

Dans le chapitre « Face aux défis phylogénétiques »  : […] Aujourd'hui, les arbres construits à partir des caractères moléculaires sont majoritairement construits par les méthodes probabilistes qui, selon l'algorithme utilisé, sont dites de « maximum de vraisemblance » ou « bayesiennes ». Pourquoi de telles méthodes propres aux caractères moléculaires ? Il est vite apparu que les substitutions multiples affectant des régions données (sites) de tel ou te […] Lire la suite☛ http://www.universalis.fr/encyclopedie/classification-du-vivant/#i_52740

ÉVOLUTION

  • Écrit par 
  • Armand de RICQLÈS, 
  • Stéphane SCHMITT
  •  • 15 097 mots
  •  • 10 médias

Dans le chapitre « La phylogénie moléculaire »  : […] La comparaison des gènes et de leurs séquences, appuyée par l'informatique, a permis le développement explosif d'une phylogénie moléculaire à partir de la fin des années 1980. Véritable « anatomie comparée moléculaire », potentiellement riche d'une fantastique information phylogénétique, cette approche s'est trouvée bientôt confrontée au vieux problème de l'homologie. Pour pouvoir comparer les gè […] Lire la suite☛ http://www.universalis.fr/encyclopedie/evolution/#i_52740

ENCODE PROJET

  • Écrit par 
  • Gabriel GACHELIN
  •  • 1 418 mots
  •  • 1 média

Le projet Encode ( Encyclopedia of DNA elements ) a été lancé en 2003. Son but était de rechercher tous les éléments fonctionnels présents dans l'ADN du génome humain. La première synthèse de ce travail gigantesque, qui a impliqué plusieurs dizaines de laboratoires et quelques centaines de chercheurs, a été publiée dans la revue Nature (qui héberge le s […] Lire la suite☛ http://www.universalis.fr/encyclopedie/projet-encode/#i_52740

HISTOIRE DE LA CLADISTIQUE - (repères chronologiques)

  • Écrit par 
  • Philippe JANVIER, 
  • Michel LAURIN
  •  • 1 665 mots

1950 L'entomologiste allemand Willi Hennig (1913-1976) publie Grundzüge einer Theorie der Phylogenetischen Systematik , ouvrage dans lequel il propose une nouvelle méthode de reconstruction des relations de parenté entre les espèces fondée exclusivement sur les états apomorphes (évolués ou particuliers) des caractères (surtout morphologiques), ains […] Lire la suite☛ http://www.universalis.fr/encyclopedie/histoire-de-la-cladistique-reperes-chronologiques/#i_52740

MAMMIFÈRES PLACENTAIRES (ORIGINE DES)

  • Écrit par 
  • Jean-Louis HARTENBERGER
  •  • 1 329 mots
  •  • 2 médias

Dans le chapitre « La fin d'une controverse »  : […] Cette proposition veut mettre un point final à une longue controverse qui oppose, depuis les années 1990, les paléontologues à certains spécialistes de phylogénie moléculaire (appelés molécularistes). En appliquant les principes de l'horloge moléculaire, ces derniers ont développé l'idée que presque tous les ordres modernes des mammifères placentaires étaient déjà individualisés il y a au moins 1 […] Lire la suite☛ http://www.universalis.fr/encyclopedie/mammiferes-placentaires-origine-des/#i_52740

PCR (polymerase chain reaction) ou AMPLIFICATION EN CHAÎNE PAR POLYMÉRASE

  • Écrit par 
  • Véronique BARRIEL
  •  • 4 885 mots
  •  • 6 médias

Dans le chapitre « La PCR en systématique et dans la biodiversité »  : […] L'extension des approches de génotypage à – potentiellement – tous les organismes vivants a permis de faire des avancées significatives dans la reconstruction de l'histoire du vivant. À l’échelle des populations, la distribution et la fréquence des polymorphismes génétiques connus dans une espèce permettent de mettre en évidence les forces évolutives en jeu, de révéler les effets de la sélection n […] Lire la suite☛ http://www.universalis.fr/encyclopedie/pcr-amplification-en-chaine-par-polymerase/#i_52740

PHYLOGÉNIE ANIMALE

  • Écrit par 
  • Michaël MANUEL
  •  • 11 672 mots
  •  • 8 médias

Dans le chapitre « L'émergence d'une nouvelle phylogénie des Bilateria »  : […] Les premiers arbres moléculaires générés, entre 1988 et 1997, à partir des séquences d'ARNr 18S confortaient en partie la vision traditionnelle car ils montraient un positionnement basal des plathelminthes (acœlomates) et des nématodes (pseudocœlomates) par rapport aux autres Bilateria (annélides, mollusques, arthropodes, vertébrés...). En revanche, il est apparu très tôt que, contrairement aux c […] Lire la suite☛ http://www.universalis.fr/encyclopedie/phylogenie-animale/#i_52740

PHYLOGÉNOMIQUE

  • Écrit par 
  • Gabriel GACHELIN
  •  • 3 010 mots
  •  • 1 média

Dans le chapitre « De la phylogénie à la phylogénétique moléculaire »  : […] Jusque dans les années 1950, les débats sur la construction des arbres phylogéniques ont porté sur les caractères physiques des organismes, dont la présence ou l'absence était suffisamment informative, ainsi que sur les méthodes utilisées pour la construction de la phylogénie. La démarche s'appuyait essentiellement sur les homologies entre organes déduites de l'anatomie et de l'embryologie compar […] Lire la suite☛ http://www.universalis.fr/encyclopedie/phylogenomique/#i_52740

VERTÉBRÉS

  • Écrit par 
  • Charles DEVILLERS, 
  • Philippe JANVIER
  •  • 9 711 mots
  •  • 4 médias

Dans le chapitre « Phylogénie moléculaire »  : […] Les séquences des acides aminés ou des nucléotides de certaines protéines et des acides nucléiques (ARN, ADN) peuvent être alignées et comparées, de la même manière que les caractères morphologiques. Là aussi, des méthodes dérivées de l'analyse cladistique (algorithmes de parcimonie) ont permis la construction d'arbres phylogénétiques, et cette nouvelle source de données est un appoint considérab […] Lire la suite☛ http://www.universalis.fr/encyclopedie/vertebres/#i_52740


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Généalogie du dodo

photographie

Le dodo, oiseau emblématique de la destruction d’espèces vivantes par l’homme, n’est plus connu que par des dessins et gravures, et quelques restes anatomiques mal conservés C’est à partir de ces derniers qu’on a pu extraire et amplifier un peu de l’ADN du dodo, et démontrer que ce... 

Crédits : Illustration by Christian Friedrich Stölzel

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Généalogie du dodo
Crédits : Illustration by Christian Friedrich Stölzel

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