MÉTAGÉNOMIQUE

ARCHÉES ASGARD

  • Écrit par 
  • Patrick FORTERRE
  •  • 3 785 mots
  •  • 3 médias

Les Archées, l’un des trois domaines du monde vivant – les deux autres étant les Bactéries et les Eucaryotes –, sont des micro-organismes unicellulaires et dépourvus de noyau extrêmement diversifiés. Leur mise en culture permet de les étudier et de les caractériser, montrant qu’elles présentent des formes et des métabolismes très variés. À partir de 2010, l’essor de la métagénomique (isolement di […] […] Lire la suite

ARCHÉOBACTÉRIES ou ARCHÉES

  • Écrit par 
  • Patrick FORTERRE
  •  • 2 138 mots

Dans le chapitre « Les archées qui oxydent l'ammoniaque »  : […] Dans les années 1990, de nouveaux groupes d'archées mésophiles ou psychrophiles ont été identifiés dans des biotopes tempérés ou froids, grâce aux méthodes de l'écologie moléculaire microbienne, qui permettent de détecter un organisme in situ, sans avoir à le cultiver, en amplifiant son ARNr 16S par la méthode de polymérisation en chaîne (PCR). Ces archées peuvent être très abondantes, formant par […] […] Lire la suite

DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE

  • Écrit par 
  • Yannick SIMONIN
  •  • 5 194 mots
  •  • 4 médias

Dans le chapitre « Diagnostic indirect de la présence d’un virus »  : […] Une infection virale laisse presque toujours dans le corps la trace repérable d'une réponse immunitaire, sous forme d'anticorps spécifiques du virus. Le diagnostic indirect d’un virus repose sur la présence de tels anticorps. Il permet de détecter une infection récente ou ancienne, évaluer le titre vaccinal protecteur du patient ou encore mettre en évidence la chronicité d’une infection virale co […] […] Lire la suite

MICROBIOME HUMAIN

  • Écrit par 
  • Universalis
  •  • 3 816 mots
  •  • 3 médias

Dans le chapitre « Exploration du microbiome humain »  : […] Depuis les années 2004-2005, l’étude des microbiotes humains s’est considérablement développée, comme en témoigne l’explosion du nombre d’articles consacrés à ce sujet sur le site bibliographique PubMed. Cette expansion exceptionnelle est le résultat du développement des approches dites « -omiques » (génomique, protéomique, etc.). Ces méthodes permettent de décrire la complexité du vivant dans son […] […] Lire la suite

MICROBIOTE DE LA BOUCHE

  • Écrit par 
  • Sylvie BABAJKO, 
  • David OJCIUS, 
  • Ihsène TAÏHI-NASSIF
  •  • 5 235 mots
  •  • 4 médias

Dans le chapitre « Microbiote oral et pathologies de la bouche : parodontites et caries »  : […] Les bactéries orales peuvent adhérer, sous forme de biofilm ou de plaque bactérienne, à deux types de surfaces : d’une part, aux tissus durs et minéralisés que sont l’émail et la dentine des dents (biofilm supragingival) ; d’autre part, aux tissus mous représentés par la muqueuse orale et la gencive (biofilm sous-gingival, qui adhère également au cément dentaire, tissu minéralisé superficiel de […] […] Lire la suite

SÉQUENÇAGE HAUT DÉBIT DE L'ADN

  • Écrit par 
  • Véronique BLANQUET, 
  • Nathalie DUPRAT, 
  • Lionel FORESTIER
  •  • 5 662 mots
  •  • 8 médias

Dans le chapitre « Métagénomique et métatranscriptomique  »  : […] La métagénomique et la métatranscriptomique ont pour objectif d’identifier dans un milieu complexe respectivement les génomes et les transcriptomes de plusieurs individus d'espèces différentes. Ainsi, l’analyse du microbiote intestinal rendu possible par une telle approche permet de déterminer quelles espèces (bactéries, virus, champignons, levures) sont présentes, leur abondance et leur diversit […] […] Lire la suite