COVID-19

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Variants du virus

Comme pour presque tous les virus à ARN, le génome du SARS-CoV-2 connaît de nombreuses mutations. La plupart sont sans conséquence notable. Mais des variations génétiques au niveau de la protéine Spike – qui permet au virus de pénétrer dans la cellule – entraînent parfois des différences dans la vitesse de propagation d’un variant. La dissémination progresse alors plus vite que celle de la souche d’origine en raison d’une interaction plus forte avec le récepteur ACE2, ce qui facilite la pénétration dans la cellule. Le variant dit « indien » (variant Delta), apparu au cours de l’année 2020, possède ainsi une infectivité telle – dix fois celle de la souche originelle – qu’il devient dominant en quelques mois, représentant environ 98 % des coronavirus en France à la fin de l’année 2021. Son expansion est à l’origine de la quatrième vague dans l’Hexagone. Certains variants sont résistants aux anticorps dirigés contre une boucle de la protéine Spike, et élicités de manière dominante par certains vaccins. Ils restent cependant sensibles aux anticorps dirigés contre d’autres régions de cette protéine, ce qui conserve sa validité à la vaccination.

Virus SARS-CoV-2, responsable de la pandémie de Covid-19

Photographie : Virus SARS-CoV-2, responsable de la pandémie de Covid-19

Observés au microscope électronique, en couleurs artificielles, ces virus ont été isolés chez un malade souffrant de la pneumonie atypique. On distingue les protubérances en forme de massue dont l'aspect a donné le nom de couronne (corona en latin) à cette famille de virus.  

Crédits : NIAID-RML

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La liste des variants et de leurs propriétés inattendues ne peut que s’allonger, que ce soit par évolution spontanée des génomes viraux ou par sélection par la pression vaccinale. Le nouveau variant, dit Omicron (B.1.1.529), est dans ce cas. Apparu en Afrique du Sud à la fin de novembre 2021, il se caractérise par un grand nombre de mutations situées non seulement dans la protéine Spike, mais aussi ailleurs dans le génome viral. L’accumulation de mutations dans la protéine Spike rend le virus plus infectieux et en même temps moins sensible aux anticorps neutralisants produits lors d’une infection antérieure ou par vaccination « classique ». Trois hypothèses peuvent rendre compte de cette soudaine accumulation de mutations : l’amplification virale chez un malade infecté pendant une longue durée (on connaît des malades immunosupprimés chez lesquels le virus prolifère pendant des semaines voire des mois), ce qui est l’hypothèse la plus vraisemblable ; l’infection d’une population humaine jusque-là non étudiée ; le passage par un ou plusieurs animaux réservoirs. L’adaptabilité d’un vaccin à la variation virale devient de ce fait un critère de choix essentiel. Il paraît enfin probable qu’il faille mettre au point des vaccins de seconde génération dirigés contre une autre cible que Spike (vaccins pancoronavirus).

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Virus SARS-CoV-2, responsable de la pandémie de Covid-19

Virus SARS-CoV-2, responsable de la pandémie de Covid-19
Crédits : NIAID-RML

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Distribution des cas de Covid-19 le 11 mars 2020

Distribution des cas de Covid-19 le 11 mars 2020
Crédits : COVID-19 Dashboard by the Center for Systems Science and Engineering (CSSE) at Johns Hopkins University

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Prélèvement nasal pour un test de la Covid-19

Prélèvement nasal pour un test de la Covid-19
Crédits : Blue Planet Studio/ Shutterstock

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Structure moléculaire de la protéine Spike du SARS-CoV-2

Structure moléculaire de la protéine Spike du SARS-CoV-2
Crédits : Dr V. Padilla-Sanchez, PHD/ Washington Metropolitan University / Science Photo Library

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Écrit par :

  • : chercheur en histoire des sciences, université Paris-VII-Denis-Diderot, ancien chef de service à l'Institut Pasteur

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Pour citer l’article

Gabriel GACHELIN, « COVID-19 », Encyclopædia Universalis [en ligne], consulté le 03 mai 2022. URL : https://www.universalis.fr/encyclopedie/covid-19/