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Les banques de données biologiques

L'origine des banques de données biologiques remonte à l'utilisation des premiers ordinateurs par des cristallographes ou des biochimistes. Parmi ceux-ci, Margaret Dayhoff, biochimiste américaine, fut la première à voir l'intérêt de rassembler toutes les données sur les séquences des protéines afin d'étudier leurs relations évolutives et de les classer en familles. Elle publia le premier atlas de protéines contenant la séquence et la structure de 65 d'entre elles (Atlas of Protein Sequence and Structure) en 1965. Cet atlas fut périodiquement mis à jour et diffusé sur papier jusqu'en 1978. Distribué sur support magnétique à partir de 1978, il est désormais disponible en ligne depuis 1981, via Internet (Margaret Dayhoff). Cet atlas, de plus en plus volumineux, est devenu, en 1984, la banque de données P.I.R. (Protein Information Resource) de la National Biomedical Research Foundation (N.B.R.F.), la première concernant les protéines et qui reste une référence pour leur analyse. Elle contenait, en 2004, quelque 283 000 séquences protéiques qui totalisaient 96 millions d'acides aminés.

Parallèlement et de manière concertée, deux banques de données de séquences nucléiques ont pris leur essor de chaque côté de l'Atlantique, en 1982. Aux États-Unis, la GenBank a pris corps au L.A.N.L. (Los Alamos Nuclear Laboratory) avec Doug Brutlag et Temple Smith ; depuis 1987, elle est gérée et distribuée par le N.C.B.I. (National Center for Biotechnology Information). La banque nucléique européenne, quant à elle, a pris le nom du laboratoire au sein duquel elle a été développée à Heidelberg (Allemagne) : E.M.B.L. (European Molecular Biology Laboratory). Depuis 1997, une antenne spéciale pour l'informatique a été créée à Cambridge : l'E.B.I. (European Bioinformatics Institute), pour poursuivre le développement de la banque E.M.B.L.

Étant donné le travail considérable que représente le maintien de ces deux banques, les organismes ont décidé de joindre leurs efforts, à partir de 1986, pour créer des formats standa [...]

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Bioinformatique : assemblage de fragments d'ADN

Bioinformatique : assemblage de fragments d'ADN
Crédits : Encyclopædia Universalis France

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Bioinformatique : analyse d'une séquence d'ADN

Bioinformatique : analyse d'une séquence d'ADN
Crédits : Encyclopædia Universalis France

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Bioinformatique : annotation d'une séquence d'ADN

Bioinformatique : annotation d'une séquence d'ADN
Crédits : Encyclopædia Universalis France

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Écrit par :

  • : chef du groupe logiciels et banques de données, Institut Pasteur

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Pour citer l’article

Bernard CAUDRON, « BIOLOGIE - La bio-informatique », Encyclopædia Universalis [en ligne], consulté le 31 juillet 2021. URL : https://www.universalis.fr/encyclopedie/biologie-la-bio-informatique/