BIO-INFORMATIQUE

BIOLOGIE - La bio-informatique

  • Écrit par 
  • Bernard CAUDRON
  •  • 5 439 mots
  •  • 3 médias

La bio-informatique est une application des techniques informatiques au traitement massif de données biologiques. Elle est spécialement utilisée pour l'analyse des séquences génomiques et des protéines. Le terme de bio-informatique est apparu en 1995 dans des publications scientifiques et des programmes de recherche, avec les premiers pas de la génomique. Cette discipline prend en effet appui sur […] Lire la suite

BIOTECHNOLOGIES

  • Écrit par 
  • Pierre TAMBOURIN
  •  • 5 346 mots
  •  • 4 médias

Dans le chapitre « La biologie systémique »  : […] Elle résulte directement des nouvelles technologies nées du développement de la génomique (transcriptome, protéome, métabolome) et capables d'appréhender désormais le vivant à un niveau de complexité qui impose une bio-informatique solide susceptible de stocker les innombrables données obtenues mais aussi d'aider à leur interprétation en permettant de conceptualiser la signification profonde de […] Lire la suite

BOTANIQUE

  • Écrit par 
  • Sophie NADOT, 
  • Hervé SAUQUET
  •  • 5 627 mots
  •  • 7 médias

Dans le chapitre « L'apport des outils modernes »  : […] Depuis les années 1990, les avancées technologiques sont telles que la recherche scientifique s'est accélérée, engendrant des bouleversements imprévisibles de notre compréhension du monde, y compris celui des plantes. La génomique, par exemple, est en train de révéler une évolution et un fonctionnement bien plus complexe des génomes d'eucaryotes (organismes pourvus d'un noyau) que l'on n'avait pu […] Lire la suite

CLADISTIQUE

  • Écrit par 
  • Pascal TASSY
  •  • 2 992 mots
  •  • 4 médias

Dans le chapitre « Cladistique et informatique »  : […] La cladistique a vite utilisé l'informatique. En effet, analyser de façon simultanée une multitude de caractères pour de nombreuses espèces, afin de construire l'arbre phylogénétique, est au-delà des capacités de l'esprit humain. Il est parfois difficile de faire ressortir la solution qui rend compte au mieux des partages de caractères dérivés considérés comme des synapomorphies. Par exemple, pou […] Lire la suite

CLASSIFICATION DU VIVANT

  • Écrit par 
  • Pascal DURIS, 
  • Pascal TASSY
  •  • 7 194 mots
  •  • 4 médias

Dans le chapitre « L'ordinateur, la molécule et la ressemblance »  : […] D' Amérique vinrent, à la fin des années 1960, les premiers algorithmes dits de parcimonie. Les ordinateurs calculent ce que ne peut faire le cerveau humain : la congruence maximale des distributions de caractères chez les espèces étudiées. Les parentés sont exprimées sous la forme d'un arbre –  le cladogramme – dénommé « arbre de longueur minimale ». La congruence maximale des homologies équivau […] Lire la suite

GÉNIE GÉNÉTIQUE

  • Écrit par 
  • Louis-Marie HOUDEBINE
  •  • 3 326 mots
  •  • 6 médias

Dans le chapitre « Perspectives »  : […] Le génie génétique offre aux chercheurs un ensemble d'outils sans précédent pour étudier et exploiter les organismes vivants. Ces techniques, d'abord artisanales, se sont perfectionnées jusqu'à la fin du xx e  siècle, sans véritablement changer de finalité. Elles se standardisent de plus en plus. Les expérimentateurs ont ainsi aujourd'hui à leur disposition des kits contenant tous les éléments et […] Lire la suite

ENCODE PROJET

  • Écrit par 
  • Gabriel GACHELIN
  •  • 1 418 mots
  •  • 1 média

Le projet Encode ( Encyclopedia of DNA elements ) a été lancé en 2003. Son but était de rechercher tous les éléments fonctionnels présents dans l'ADN du génome humain. La première synthèse de ce travail gigantesque, qui a impliqué plusieurs dizaines de laboratoires et quelques centaines de chercheurs, a été publiée dans la revue Nature (qui héberge le site Web du projet) le 5 septembre 2012. La c […] Lire la suite

GÉNOMIQUE - Le séquençage des génomes

  • Écrit par 
  • Bertrand JORDAN
  •  • 4 700 mots
  •  • 5 médias

Dans le chapitre « Les stratégies de séquençage »  : […] L'assemblage de multiples petites séquences est en effet un élément crucial de ces projets. Chaque expérience de séquençage ne « lit » qu'une petite zone d'ADN : quelques centaines de bases, un millier tout au plus. Certes, les appareils modernes lisent simultanément une centaine de segments d'ADN différents, mais il reste à reconstituer le puzzle, à déterminer dans quel ordre il faut assembler ce […] Lire la suite

PHYLOGÉNOMIQUE

  • Écrit par 
  • Gabriel GACHELIN
  •  • 3 010 mots
  •  • 1 média

Dans le chapitre « Bio-informatique et phylogénomique »  : […] Tout autre est la situation créée par la possibilité de comparer des génomes entiers ou un grand nombre de gènes. Une solide bibliothèque de génomes complets et de gènes isolés s'est constituée à partir d'un grand nombre d'organismes différents et s'enrichit à chaque nouveau séquençage. L'acquisition d'une telle quantité de données est devenue possible grâce à de nombreuses innovations technologi […] Lire la suite


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Bioinformatique : analyse d'une séquence d'ADN

dessin : Bioinformatique : analyse d'une séquence d'ADN

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Une fois la séquence d'ADN déchiffrée (fig1), elle est analysée afin d'y déterminer les protéines codées Pour cela, le programme utilise le code génétique pour traduire chaque codon (groupement de trois bases nucléiques) en peptide ou acide aminé (cadre A) Si on commence par les grouper... 

Crédits : Encyclopædia Universalis France

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Bioinformatique : assemblage de fragments d'ADN

dessin : Bioinformatique : assemblage de fragments d'ADN

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Les données de départ sont constituées par des fragments d'ADN (6 fragments appartenant au brin direct et 8 fragments appartenant au brin complémentaire, qui, dans cette fenêtre, sont localisés dans le génome sur les positions 1940 à 2000) lus par le robot séquenceur Le programme... 

Crédits : Encyclopædia Universalis France

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Exploration du génome et bio-informatique, B. Jordan

vidéo : Exploration du génome et bio-informatique, B. Jordan

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Bertrand Jordan, chercheur retraité en biologie moléculaire et génétique et membre de l'Organisation européenne de biologie moléculaire, nous définit dans un entretien ce que sont la bioinformatique et la génomique et répond à quelques questions : En quoi la bioinformatique a-t-elle... 

Crédits : Encyclopædia Universalis France

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Bioinformatique : annotation d'une séquence d'ADN

dessin : Bioinformatique : annotation d'une séquence d'ADN

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L'analyse de la séquence d'ADN (fig 2 et cadre A) avec le logiciel Artemis (The Wellcome trust Sanger Institute, Cambridge, Royaume-Uni) a permis de proposer des sites potentiels codant pour des protéines Il faut utiliser des données supplémentaires pour confirmer ces prédictions Ainsi, le... 

Crédits : Encyclopædia Universalis France

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Bioinformatique : analyse d'une séquence d'ADN

Bioinformatique : analyse d'une séquence d'ADN
Crédits : Encyclopædia Universalis France

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Bioinformatique : assemblage de fragments d'ADN

Bioinformatique : assemblage de fragments d'ADN
Crédits : Encyclopædia Universalis France

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Exploration du génome et bio-informatique, B. Jordan

Exploration du génome et bio-informatique, B. Jordan
Crédits : Encyclopædia Universalis France

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Bioinformatique : annotation d'une séquence d'ADN

Bioinformatique : annotation d'une séquence d'ADN
Crédits : Encyclopædia Universalis France

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