ARCHÉES ASGARD

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La métagénomique et la diversité des archées

Depuis les années 2000, notre connaissance de la diversité microbienne a été bouleversée par les approches dites de « métagénomique ». La possibilité de séquencer massivement tout l’ADN présent dans un environnement donné à moindre coût grâce à la technique du séquençage à haut débit a permis de reconstituer, par des méthodes informatiques, les génomes d’organismes que l’on n’avait encore jamais réussi à cultiver. Les génomes ainsi obtenus, appelés MAG (metagenome-assembled genomes), ne sont pas parfaits, l’assemblage par ordinateur des séquences d’ADN pouvant comporter des erreurs, mais ils permettent de se faire une assez bonne idée du métabolisme de ces organismes et de leur position dans l’arbre du vivant. Dans les années 1990, l’essor de l’écologie moléculaire avait déjà permis de mettre en évidence de nombreuses lignées évolutives jusque-là inconnues chez les Bactéries et les Archées. Cette approche était fondée sur le séquençage spécifique des gènes codant pour les molécules d’ARN ribosomique 16S (appelées ARNr 16S) dans un environnement donné. Cette molécule est en effet présente chez tous les êtres vivants possédant des ribosomes, ces éléments (organites) cellulaires qui fabriquent les protéines. Contrairement à la métagénomique, cette méthode ne permet donc pas de reconstituer des génomes, mais elle rend possible le positionnement des micro-organismes codant pour ces ARNr 16S dans les classifications (phylogénies) moléculaires d’ARNr 16S déjà disponibles.

Des lignées d’archées très éloignées sur le plan évolutif de celles déjà connues ont ainsi été découvertes dans presque tous les environnements terrestres et marins testés. Quelques laboratoires ont alors engagé des programmes de recherche pour essayer d’isoler les organismes appartenant à ces lignées mystérieuses. Certains d’entre eux ont finalement été isolés et décrits, comme les Thaumarchées, dont le premier membre a été cultivé en [...]


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Diversité des archées Asgard

Diversité des archées Asgard
Crédits : Encyclopædia Universalis France

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Place des archées Asgard dans l’arbre universel du vivant

Place des archées Asgard dans l’arbre universel du vivant
Crédits : Encyclopædia Universalis France

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Prometheoarchaeum synthrophicum

Prometheoarchaeum synthrophicum
Crédits : H. Imachi, M.K. Nobu, JAMSTEC

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Patrick FORTERRE, « ARCHÉES ASGARD », Encyclopædia Universalis [en ligne], consulté le 23 octobre 2020. URL : https://www.universalis.fr/encyclopedie/archees-asgard/