2. La génération et le vitalisme
Le problème de la génération constitue la pierre de touche des différentes conceptions du vivant et il est, de fait, selon Canguilhem, le phénomène biologique fondamental pour les vitalistes.
À la fin du xixe siècle, le paysage biologique est traversé par deux grands courants qui passionnent depuis plusieurs siècles les philosophes et les biologistes attachés à comprendre les problèmes de génération. L'épigenèse qui s'appuie sur le développement de l'œuf et la fabrication de l'organisme, et la préformation qui suppose que le gamète contienne l'embryon en « abrégé » s'inscrivent directement dans la polémique opposant vitalistes et partisans d'une théorie mécaniste de la vie – en accord ou en réaction au matérialisme « brut », au monisme de Haeckel, pour qui tout est régi par la force et la matière, ce qui amène à réduire matière et pensée au simple mécanisme jusqu'à faire disparaître totalement la notion de vie.
À ce stade, il convient d'évoquer les travaux de Louis Pasteur pour souligner le lien qui unit, autour d'une même interrogation, la génération spontanée, le vitalisme et le matérialisme. Pasteur s'intéresse au début de sa carrière à l'inanimé, aux cristaux, au minéral, à l'asymétrie moléculaire, reprenant ainsi, selon Dagognet, le flambeau vitaliste en insistant sur la démarcation radicale de l'organique et du minéral. C'est ce qui lui permit de réfuter la thèse de la génération spontanée et de l'auto-organisation de la matière défendue par Félix Pouchet sur la base d'un phénomène d'auto-organisation par lequel il croyait pouvoir expliquer la production des ovocytes dans l'ovaire des Mammifères au sein d'un « blastème indifférencié ». En 1864, au cœur des débats sur la génération spontanée, Pasteur déclarait : « Quelle victoire cela serait pour le matérialisme s'il pouvait démontrer que la matière pouvait s'auto-organiser et fabriquer la vie toute seule ! »
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