L'année 2009 est marquée par le quatre-vingtième anniversaire de la fondation du Vatican, cité-État indépendante et souveraine créée par les accords du Latran conclus avec l'Italie le 11 février 1929. Le Vatican organise plusieurs célébrations à cette occasion, et une exposition commémorative est présentée au public de février à mai.
Une controverse naît quand le souverain pontife, alors qu'il se rend en visite officielle en Afrique, en mars, déclare dans l'avion que la distribution de préservatifs n'enrayera pas la propagation du sida et ne ferait au contraire que l'aggraver ; il prône à l'inverse l'abstinence sexuelle et la fidélité conjugale. Son intransigeance en matière de planning familial et d'avortement aurait par ailleurs motivé le refus du Vatican de plusieurs candidats au poste d'ambassadeur des États-Unis auprès du Saint-Siège ; parmi les personnes ainsi écartées figurent Caroline Kennedy, la fille de l'ancien président américain John F. Kennedy. Cette charge est finalement confiée au théologien Miguel H. Díaz en août.
De vives tensions se manifestent entre le Vatican et le gouvernement italien durant l'année après que le journal de la conférence épiscopale italienne Avvenire a publié des éditoriaux très critiques envers le président du Conseil Silvio Berlusconi. Ces textes, qui mettent en cause la réponse sévère du gouvernement face à l'immigration clandestine, reviennent aussi sur le comportement jugé scandaleux du « Cavaliere » dans la sphère privée. À la suite d'échanges d'articles, au cours desquels Il Giornale – quotidien détenu par la famille Berlusconi – attaque le rédacteur en chef de l'Avvenire, le secrétaire d'État du Vatican, Mgr Tarcisio Bertone, annule un dîner prévu avec Silvio Berlusconi et prend publiquement position en faveur de l'Avvenire et de son rédacteur en chef. Dans le souci de rétablir une collaboration avec le gouvernement italien, le pape Benoît XVI rencontre le principal conseiller de Silvio Berlusconi au début du mois de septembre.
En mai, lors d'un voyage au Proche-Orient, le pape effectue une visite en Terre sainte, au cours de laquelle il rencontre des représentants des deux autres grandes religions monothéistes. À cette occasion et en diverses autres circonstances, il demande le renforcement du rôle des Nations unies dans la promotion d'un monde de paix.
En tant que primat d'Italie, il se rend dans la région des Abruzzes, où le séisme dévastateur survenu le 6 avril a fait près de trois cents morts et soixante mille sans-abri. Le souverain pontife réconforte les survivants et prodigue ses encouragements aux personnes qui apportent leur aide aux sinistrés ; il lance un appel aux institutions et aux entreprises pour qu'elles soutiennent les efforts de reconstruction de la région.
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