Au xiie siècle, c'est à Montpellier et à Salerne que siégeaient les principales écoles de médecine d'Occident. La grande et prospère cité languedocienne entretenait des contacts avec la médecine hébraïque, représentée dans de nombreuses communautés juives du Midi, et une ouverture vers la médecine arabe, notamment par l'Espagne musulmane. En 1181, le comte Guilhem VIII accorda à quiconque le désirait le droit d'ouvrir une école de médecine à Montpellier. Peu à peu, ces écoles s'organisèrent en une corporation. En 1220, le légat pontifical Conrad donna à l'université de médecine de Montpellier ses premiers statuts officiels ; elle était placée sous la juridiction de l'évêque de Maguelone, mais le chancelier devait être pris parmi les docteurs eux-mêmes. Par la suite apparurent des universités d'arts (vers 1240), de droit (vers 1260) et de théologie (1421) ; elles restèrent très inférieures en réputation à l'université de médecine ; néanmoins, l'université de droit, dont les premiers professeurs avaient été formés à Bologne, contribua au succès du droit romain en France, et certains des grands « légistes » du roi, comme Guillaume de Nogaret (1260 ?-1313), en sont issus. L'université de médecine recevait des étudiants de tout l'Occident. Tout étudiant en médecine devait avoir suivi une formation préliminaire en arts ; les études de médecine proprement dites duraient cinq ou six ans. Le pape Clément V en fixa définitivement le programme en 1309 ; l'essentiel était la lecture des principales autorités (Hippocrate, Galien, Avicenne) et des commentaires de certains médecins juifs, arabes et salernitains (Constantin l'Africain). Une place plus grande qu'à Paris était, cependant, faite aux exercices pratiques : pendant l'été, les futurs médecins devaient effectuer des stages à Montpellier ou au-dehors auprès de praticiens ; à partir de 1340, l'université reçut, tous les deux ans puis tous les ans, le cadavre d'un supplicié pour organiser une dissection. Les médecins les plus célèbres du xiv
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