C'est dans une ville où la vie intellectuelle était déjà fort active que fut fondée, en 1559, l'université souhaitée par Calvin. En 1365, à la demande du comte de Savoie, Amédée VI, l'empereur Charles IV avait décidé la création d'une université qui, en fait, ne vit pas le jour. Mais l'enseignement était dispensé dans des collèges dont certains, comme celui de Versonnex ou celui de Rive, jouèrent un rôle important dans le développement de l'humanisme à Genève. Calvin y enseignait depuis 1541. Le premier recteur de la nouvelle université fut Théodore de Bèze (1519-1605), qui travailla en étroite coopération avec Calvin. Plus que l'humanisme, la théologie réformée fut au centre de leurs préoccupations, et l'université apparut comme le garant de la nouvelle orthodoxie : les maîtres durent, avant d'enseigner, faire leur profession de foi réformée.
À l'époque contemporaine, le rayonnement de Genève et celui de son université vont de pair. Le recrutement des professeurs et celui des étudiants est largement international.
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