Dans des circonstances mal connues, d'importantes écoles de logique et de théologie se créèrent à Oxford dans la seconde moitié du xiie siècle. Le pape Innocent III les réunit en une véritable université en 1214, en leur octroyant leurs premiers statuts et privilèges à la suite d'un conflit entre étudiants et bourgeois de la ville. Ces statuts étaient assez proches de ceux de l'université de Paris ; le chef de l'université était le chancelier désigné parmi les maîtres par l'évêque de Lincoln. Jusqu'à la fin du Moyen Âge, l'université d'Oxford fut protégée à la fois par les papes et par les rois d'Angleterre et ne connut pas de crises internes vraiment graves. Une des originalités d'Oxford fut l'apparition, après 1250, de grands collèges (Merton, New College, Magdalen College), installés dans de vastes bâtiments, avec leur propre corps de professeurs et de tutors (répétiteurs), très autonomes donc par rapport à l'université. On trouvait aussi à Oxford les écoles des principaux ordres monastiques et religieux, surtout les Franciscains. Au xiiie siècle, les maîtres les plus célèbres furent Robert Grosseteste et Roger Bacon ; assez fidèles en théologie à la tradition augustinienne, ils se distinguèrent surtout par leur intérêt pour les sciences (mathématiques, optique).
Au xive siècle, les franciscains Jean Duns Scot (1265 env.-1308) et Guillaume d'Ockham (1290 env.-env. 1349) s'y livrèrent à une critique impitoyable du thomisme. Dans la seconde moitié du siècle, John Wycliff (1328-1384) fut le plus en vue des docteurs d'Oxford ; ses idées audacieuses (prédestination, refus de la transsubstantiation, des indulgences, du culte des saints, de la plupart des sacrements) et sa critique violente de la papauté annonçaient Luther ; il fut expulsé d'Oxford en 1381 et, dès 1382, une énergique épuration vint à bout de ses derniers partisans. À la fin du xve siècle, l'université d'Oxford s'ouvrit à l'humanisme avec Linacre, John Colet, Thomas More. À l'époque de la Réforme, elle devint anglicane tout en restant modérée. Aux xvii
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