3. La méthode uniformitariste
La méthode uniformitariste est particulièrement bien définie par le titre complet de l'ouvrage de Lyell : Principles of Geology, Being an Attempt to Explain the Form Changes of the Earth's Surface by Reference to Causes now in Operation (« Principes de géologie, tentative d'explication des modifications de la surface de la Terre par référence aux causes agissant actuellement »). Cette définition manifeste une volonté de recherche de toutes les explications rationnelles qui permettent de contrer l'obscurantisme des grands systèmes cosmogonistes.
S. S. Gould (1965) a remarqué que cette démarche se ramène à suivre deux des voies habituelles de toute méthode scientifique, l'induction et l'application du principe de simplicité. Mais il n'est pas possible de s'en contenter. L'expérimentation doit intervenir pour dégager les lois auxquelles obéissent certains systèmes dans des conditions différentes de celles qui correspondent aux objets naturels. Il est dangereux de généraliser sans précaution les lois en passant à une échelle différente d'observation. Il est nécessaire aussi d'imaginer des associations de facteurs inconnus dans la nature actuelle pour tenter l'explication de témoignages du passé qui ne se réalisent pas sous nos yeux : tel est le cas, par exemple, pour la genèse des grandes séries salines, phosphatées ou ferrugineuses.
La méthode uniformitariste ne représente alors qu'une partie du cheminement obligatoire d'un esprit scientifique.
L'affirmation, l'établissement et l'utilisation de la doctrine uniformitariste marquèrent l'avènement d'une géologie et d'une biologie rationnelles, mais, si l'on veut bien admettre que la géologie et la paléobiologie soient des sciences, le terme « uniformitarisme » est totalement anachronique. Il ne peut désigner qu'une étape importante de la philosophie des sciences dans le débat entre les scientifiques sérieux et les irrationalistes.
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