5. Affinités et relations phylogénétiques
Bien que la position systématique de certaines familles soit encore mal assurée du fait de la placentation, de l'organogénie florale ou des réactions sérologiques, les Tubiflores constituent un groupe très homogène, compte tenu de son ampleur et de la quantité de ses représentants. Les affinités de ses familles sont parfois si intimes que certains genres peuvent être classés dans plusieurs d'entre elles : ainsi, Paulownia peut être classé dans les Bignoniacées ou dans les Scrophulariacées, Brookea dans les Scrophulariacées ou dans les Gesnériacées. De nombreux liens de parenté existent entre les Convolvulacées et les Polémoniacées ; les Nolanacées se rapprochent, par certains de leurs caractères, des Convolvulacées, des Boraginacées et des Solanacées. Les Buddléiacées sont souvent unies aux Rubiales ou aux Contortales bien que généralement apparentées aux Scrophulariacées. Les Gesnériacées présentent des analogies indiscutables avec les Scrophulariacées (Veronica). Les Verbénacées sont en relations très étroites avec les Labiées qui, elles-mêmes, sont liées aux Boraginacées et aux Scrophulariacées. Il est possible de résumer ces relations en disant que les Labiées sont aux Boraginacées ce que les Scrophulariacées sont aux Solanacées, ou encore que les Labiées sont aux Scrophulariacées ce que les Boraginacées sont aux Solanacées.
Les relations phylogénétiques comme les affinités de certaines familles sont complexes et parfois fort discutées ; il est, par exemple, possible de rattacher les Lennoacées aux Éricales et les Lentibulariacées aux Primulales aussi bien qu'aux Tubiflorales. Les Columelliacées, enfin, n'ont pas encore une position fixe dans la systématique ; elles sont généralement rattachées aux Tubiflorales, mais possèdent des rapports avec les Ébénales, les Éricales, les Oléacées, et même avec les Saxifragacées et les Onagracées.
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