L'ensemble des molécules d'ARN messager d'une cellule constitue le transcriptome. Les ARN messagers sont une réplique des gènes qui sont à l'état actif dans une cellule. Quelques-uns peuvent jouer un rôle structural ou catalytique, mais la plupart d'entre eux sont traduits en protéines et participent ainsi à toutes les fonctions de la cellule. Chez l'homme, on considère qu'il existe environ 50 000 gènes qui s'expriment de manière différentielle dans plus de 200 types cellulaires. Dans un type cellulaire particulier, par exemple les fibroplastes, on dénombre 300 000 copies d'ARN messager qui représentent le résultat de l'expression d'environ 10 000 à 20 000 gènes. La grande majorité de ces ARN messagers sont présents à moins de 15 copies par cellule. Certaines puces à ADN détectent la présence d'une copie d'ARN messager par cellule.
