2. Bioénergétique
Toutes ces bactéries, sauf les Beggiatoales, utilisent l'énergie lumineuse grâce à deux types de pigments. Cette photosynthèse bactérienne ne libère pas d'oxygène comme chez les plantes, mais la réaction exige un donateur exogène d'électrons (DH2), oxydé au cours du processus :

DH2 est ici l'hydrogène moléculaire, ou un composé minéral du soufre tel que H2S, S2O3 :


Les pigments sont des bactériochlorophylles et des caroténoïdes ; la couleur des bactéries est fonction de leurs proportions relatives. On connaît quatre bactériochlorophylles désignées par les lettres a, b, c, d, dont les longueurs d'onde de maximum d'absorption se situent sur deux pics : 358 à 432 nm pour le premier, et 651 à 771 nm pour le second, chacune de ces quatre substances ayant ses deux optima propres. Les caroténoïdes, dont trente environ ont été isolés, contribuent à la photosynthèse en captant l'énergie lumineuse entre les deux pics d'absorption de bactériochlorophylles et en la transférant à ces dernières ; l'efficacité du transfert est de 50 p. 100. De plus, ils protègent les cellules contre l'action toxique des photo-oxydations.
Certaines espèces ont besoin de facteurs de croissance (auxotrophes). Enfin, les Beggiatoa, non chlorophylliennes, sont des chimiotrophes.
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